Идейным вдохновителем партии федералистов оставался Юрий Немирич. Потомок, древней новгородской фамилии, бежавшей в XV веке в литовские владения, Немирич был наследником богатых имений в Южной Руси, и от своего отца с детства проникся тем религиозным вольнодумством, которое в том веке носило общее название арианства. Молодой Юрий провел молодость за границей, преимущественно в Бельгии и Голландии, получил отличное образование и написал несколько ученых сочинений по предметам философии и рационального богословия. В 1648 г. он пристал к Хмельницкому, спасаясь от преследования краковской инквизиции. Неизвестно, где был он после Зборовского мира, но с 1655 года Немирич целенаправленно интригует в казацкой среде. Он принял православную веру, действовал в пользу казаков у шведского короля, у Ракочи, а по смерти Хмельницкого, составлял планы образовать союза Малой Руси с Польшею на новых началах их общегосударственного устройства.
В среду федералистов успешно внедрился и личный секретарь короля, он же и посол по совместительству, Станислав (Ян) Беневский. Незадолго до смерти Хмельницкого он прибыл к гетману, но после его кончины остался в Чигирине. Быстро сориентировавшись в настроениях казацкой верхушки, он стал искусно направлять поступки Выговского и его сторонников, ориентируя их к возвращению в лоно Речи Посполитой. Ловкий дипломат Беневский, уверял полковников, что казаки своими подвигами научили поляков и всех соседей уважать в них доблестных рыцарей, поэтому Польша признает их свободными. А, если казаки захотят присоединиться к Польше для взаимного охранения своих прав и вольностей, то не иначе, как равные к равным и вольные к вольным.
Малороссийское духовенство в основной своей массе присоединение казацких территорий к Московскому государству приняло без энтузиазма. Митрополит Сильвестр Косов и высшие иерархи церкви чувствовали себя вполне комфортно и независимо, так как константинопольский патриарх был далеко и киевская митрополия подчинялась ему номинально. Православным священникам никто не чинил препятствий в отправлении богослужения, об унии уже постепенно стали забывать.
Но после Переяславской рады вопрос о подчинении киевской митрополии московскому патриарху стал лишь вопросом времени. Иерархи киевской церкви понимали, что с независимостью придется распрощаться, поэтому и в их кругах сторонников партии федералистов было достаточно. Все же среди высшего духовенства было достаточно много представителей шляхты, которым и по образованию, и по воспитанию, и по менталитету католическая Польша была ближе, чем православная Москва. Опасения духовенства о том, что со многими прежними вольностями придется расстаться, оправдались уже сразу после смерти митрополита Косова. По обычаю, нового митрополита должны были избирать епископы не только с епархий, вошедших в состав Московского государства, но и из тех, которые оставались в Польше: львовской, луцкой, перемышльской и других. Король не препятствовал выезду этих епископов в Киев для избрания митрополита, но воевода Бутурлин потребовал от местоблюстителя Лазаря Барановича и печерского архимандрита Гизелы, чтобы духовенство малороссийское «поискало милости государя и показало совершенно правду свою к великому государю: захотело бы идти в послушание к святейшему патриарху московскому». Такое требование было неприемлемым для православных епископов польской стороны. Бутурлин об этом писал и Выговскому, но тот заявил, что пошлет для участия в выборах казацких представителей по старому обычаю. В конечном итоге, 6 ноября 1657 года новым киевским митрополитом был избран Дионисий Балабан, сам выходец из знатного шляхетского рода, тяготевший к Польше и разделявший настроения зажиточной части казаков и старшины.