Культ Николы поначалу, видимо, был связан с Софийским собором. Успех его объясняется тем, что он как бы перехватил идею независимости русской церкви и от Рима, и от Константинополя. Десятинная церковь с культом Климента оттесняется на второй план. Тем не менее, и позднее в борьбе за полную церковную независимость обращались именно к заступничеству Климента. Когда в 1147 году шла борьба против провизантийской группировки за утверждение митрополитом Климента Смолятича, черниговский епископ Онофрий аргументировал правомочность такого решения тем, что «глава у нас есть святого Климента, яко же ставять греци рукою святого Ивана» (имеется в виду легендарный Иоанн Богослов).
В сочинении клирика Десятинной церкви имеется эпизод чудесного спасения Климентом отрока (некоторые варианты переделок так и называются: «Чудо св. Климента, папы Римского, о отрочати»). Притча об отроке предполагает своеобразную параллель: русский народ, как и отрок, спасен Климентом. Само это чудо – традиционный сюжет. Но в «Слове на обновление Десятинной церкви» появляется странная как будто трактовка очевидных вещей: подчеркивается чадолюбие русских отцов, даже если чада совсем еще неразумны и не умеют говорить («не гнушают сызмла денъствующих при разуме и гугнующи языком»). Эта очевидность, однако, была поставлена под сомнение богомилами, ересь которых устремилась на Русь как раз в третьей четверти XI столетия. Ю.К. Бегунов отсылает к поучению против богомилов пресвитера Козмы, который возмущается тем, что богомилы «аще бо ся им случить видети детищ млад, то акы смрада гнушаются, отвращающеся, плюють». На Руси богомильство, очевидно, ориентировалось не на Десятинну церковь [14] .
Таким образом, Десятинная церковь в XI столетии оказывается притягательным центром мощного идейного течения, противостоящего византийской ортодоксии. Ратуя за полную самостоятельность русской церкви и непосредственную связь русского христианства с учением святых отцов, клирики Десятинной церкви в то же время постоянно питались сочинениями и идеями, приходившими из славянских стран, прежде всего тех областей, где более и долее всего сохранялось влияние кирилло-мефодиевской традиции. Идейная борьба в XI веке не сводилась, однако, лишь к византийскому и собственно русскому началу. И то и другое направление дробилось, разветвлялось, отступало в одном ради сохранения другого. Византинизм не сумел полностью победить в домонгольский период. Но он все-таки получил определенный перевес по сравнению с традицией Десятинной церкви и другими невизантийскими течениями. Объяснить, почему это могло произойти, непросто. Во всяком случае, такого рода явления не могут быть поняты без самого внимательного учета международной ситуации, без обращения к тем очагам, которые на протяжении длительного времени подпитывали специфические представления на Руси.