Мефодию удалось оправдаться. Более того, в 880 году Иоанн VIII разрешил исполнение богослужения на славянском языке. Чем был вызван такой поворот в настроениях папы – остается неясным. Видимо, сказывалось влияние какой-то конкретной ситуации, когда папа был заинтересован в поддержке как раз против немецкого духовенства. Именно булла «Индустриэ туэ» от июня 880 года позднее неоднократно использовалась папами для обоснования идеи о покровительстве курии миссии Кирилла и Мефодия, и в связи с ее тысячестолетием глава римской церкви Иоанн-Павел II провозгласил солунских братьев «сопокровителями Европы». Но уже через пять лет, в 885 году, папа Стефан V забрал назад только что сделанную уступку, потребовав совершения богослужения только на латинском языке и допуская лишь толкование текстов Писания в проповедях славянской речью.
В Житии Мефодия сказано, что пастырь ушел из жизни, успокоенный разрешением каких-то недоразумений с «цесарем» (Василием Македонянином) и устранением всех обвинений в его адрес, назначив преемником своего ученика Горазда. На самом деле обстановка была далеко не так спокойна, как хотел представить автор Жития. Повороту в позиции Рима предшествовали новые бурные события в жизни моравской церкви в 884 году. Снова немецкое духовенство обвиняло Мефодия в ереси, снова их сторону принял Святополк. Встречное обвинение немецкого духовенства в «хиопаторской ереси» (то есть отождествлении двух первых лиц Троицы в результате прибавки «филиокве») на сей раз не сработало. И умер Мефодий при обстоятельствах далеко не ясных. Автор Жития не называет даже города, в котором был похоронен поборник славянского богослужения. А в римской традиции его кончина воспринималась как «наказание» за ересь. На соборе 1059 года вспоминали, что Мефодий погиб «как безбожный Арий».
Обвинение в арианстве будет устойчиво следовать за Мефодием в течение нескольких столетий. Папа Иоанн X (914–928) в послании сплитским епископам призывает протестовать против ложного учения, связываемого с именем Мефодия. Мефодия клеймят как еретика в далматинских синодальных постановлениях X–XI вв. При этом, по крайней мере, в Хорватии в период с 925 по 1248 год славянское богослужение запрещалось как арианское.
Распространенную в Хорватии глаголицу в папских документах нередко называли «готским» письмом, а Мефодий признавался еретиком, как бы давшим этой письменности вторую жизнь. В послании папы Николая II (1059–1061) церковному собору в Сплите, в частности, напоминалось: «Говорят, готские письмена были вновь открыты неким еретиком Мефодием, который написал множество измышлений против догматов вселенской веры, за что по божьему соизволению он внезапно принял смерть». Преемник Николая II, папа Александр II (1061–1063), вновь подтверждает запрещение богослужения на славянском и готском языках, имея в данном случае в виду и готов-ариан в Испании.