«Миссия» рассказывает о том, как в XVIII веке испанцы и португальцы осваивали Латинскую Америку. Это также повесть о том, как стремление крестить индейцев-язычников в конечном счете подменяется банальной торговлей и погоней за наживой, что приводит к разрушению иезуитских миссий в тропических джунглях. Джереми Айронс играет Габриэля, иезуита-идеалиста, основавшего утопическую коммуну из индейцев посреди джунглей. Де Ниро играет Мендозу, бывшего рабовладельца и наемника-конкистадора, который отправляется в иезуитскую миссию, чтобы искупить свой грех — он убил собственного брата на дуэли. Когда становится ясно, что миссии суждено погибнуть, эти двое ведут себя совершенно по-разному. Габриэль обращается к непрестанным молитвам и просто не может поверить, что враги нападут на их миссию. Мендоза решает тряхнуть стариной и сколачивает из индейцев некое подобие ополчения, на сей раз ведя войну во славу Господа. Но ни тот, ни другой не могут победить. Миссию разоряют, оба они гибнут, а индейцев вырезают.
Снимать Де Ниро в этой картине было рискованным шагом. Облик актера был воплощением современного городского человека, и, казалось, трудно вообразить его в средневековой хламиде — ведь именно из-за этого Де Ниро не был склонен сниматься у Скорсезе в фильме «Последнее искушение Христа». Первым его предложил Роланд Жоффе, который считал, что Де Ниро идеально подходит для этой роли. Не все были согласны, особенно возражали боссы компании «Голдкрест» — Джейк Эбертс и Дэвид Патнэм, сопродюсеры фильма. Эбертс считал Де Ниро прекрасным актером, но не подходящим для роли человека средневековья; вряд ли зрители примут его в этой ипостаси лучше, чем Аль Пачино в роли торговца пушниной в «Революции»… Этот пример Пачино научил Эбертса очень осторожно оценивать тот эффект, который способно произвести участие кинозвезды на кассовый успех фильма.
Патнэм разделял эти опасения Эбертса и возражал против выбора Жоффе. Он все время подчеркивал, что не против Де Ниро как такового, он только тревожится насчет того, как график актера будет согласовываться с напряженным ритмом съемок в далекой Колумбии. Он считал, что лучше отдать роль малоизвестному актеру, который не привнесет в фильм ассоциаций, связанных с собственным именем.
Вопрос был окончательно решен как-то раз поздно ночью в номере Де Ниро в «Блэйкс отель»; эта гостиница в Южном Кенсингтоне стала любимым пристанищем Де Ниро. Патнэм объяснил Де Ниро, что опасается, зная репутацию актера, что тот потребует многократных репетиций и многих дублей. Он указал, что место расположения съемочной площадки и бюджет фильма не позволят этого сделать. Де Ниро, который перед тем уже дал согласие Жоффе на меньший гонорар за эту роль, милостиво отвечал, что гарантирует — ни дня отсрочки съемок не произойдет по его вине. Патнэм, чувствуя, что его не совсем правильно поняли, наконец должен был сказать в лоб, что не считает Де Ниро подходящим для этой роли.