А для обоснования права вмешательства ему было необходимо убедить общественное мнение в том, что русская церковь — незыблемая хранительница православного чина — нераздельна с угнетенными восточными церквами, и прежде всего с греческой. Никон имел свои тайные цели: как глава власти духовной, он мыслил стать выше царя и поэтому тоже искал себе опору и союзников на Востоке.
Между тем исторически, в силу разных причин, в русском православии сложилась обрядность, несколько отличавшаяся от исконной греческой (двоеперстие при осенении крестом, например). И в сознании паствы эта обрядность освящалась и традицией, и идеей «третьего Рима» — Московского государства как единственного преемника павших «за грехи» Римской и Византийской империй. К тому же церковь Византии в глазах русских людей была сильно скомпрометирована унией с католиками и турецким пленением.
Таково было настроение умов, когда Никон, по словам Ключевского, «на много дней затворился в книгохранилище, чтобы рассмотреть и изучить старые книги и спорные тексты… Он начал рассматривать и сличать с греческим славянский текст символа веры и богослужебных книг и везде нашел перемены и несходства с греческим текстом. В сознании своего долга поддерживать согласие с церковью греческой он решил приступить к исправлению русских богослужебных книг и церковных обрядов».
Первый шаг Никона в этом направлении — распоряжение о проведении учета и описания наличных книг. Нужно было ясно представить, что могло понадобиться для предпринимаемой работы. Во вступлении к «Описи книгам, в степенных монастырях находящимся» можно прочитать: «161 (1653) году генваря в 11 день, по указу великого господина святейшего Никона патриарха московского и всея Руси, выписано степенных монастырей из отписных книг, в которых монастырях обретаются церковные четьи, того ради, чтобы было ведомо, где которые книги взяти, книг печатного дела исправления ради».
Эта опись явилась беспрецедентной в своем роде. В нее были внесены 2672 русские рукописные книги из 39 монастырей. И хотя они включались выборочно, все равно, как отмечает автор «Истории русской библиографии» Н. В. Здобнов, опись «сохраняет значение первого в России сводного каталога». Она свидетельствует также о целенаправленности и размахе, с которыми начал свою деятельность Никон.
И вновь на патриарший двор потянулись книги из разных углов России, Отбирались они, надо полагать, по личному указанию патриарха. Никон был опытным собирателем. Будучи еще митрополитом в Новгороде, не подвергавшемся монгольскому нашествию, и имея доступ в местные монастырские библиотеки, он накопил ценную коллекцию древних русских пергаментных рукописей, влившуюся затем в Патриаршую библиотеку.