В январе 1941 года Георгий Константинович Жуков возглавил Генеральный штаб. В его обязанности как одного из заместителей наркома обороны входит контроль за Управлением связи, Управлением снабжением горючим, Главным управлением ПВО, Академией Генерального штаба и Академией имени М.В. Фрунзе. Жуков знал и ценил деловые качества Птухина по совместной службе. В своих мемуарах о времени командования Киевским особым военным округом он пишет: «Хочется сказать доброе слово и о начальнике военно-воздушных сил округа генерале Е.С. Птухине, который был блестящим летчиком и командиром, преданным сыном нашей партии и отзывчивым товарищем{18}... За короткий срок пребывания на посту командующего я успел высоко оценить трудолюбие и творческое отношение к делу начальствующего состава округа, особенно И.Х. Баграмяна, Е.С. Птухина, Н.Д. Яковлева, командующих армиями и командиров соединений. Я глубоко верил в этих людей и чувствовал, что в час боевых испытаний на них вполне можно будет положиться. Дальнейшие события показали, что я в них не ошибся»{19}.
Новое назначение Г.К. Жукова сыграло определенную роль в дальнейшей судьбе генерала Птухина. Георгий Константинович предложил именно его кандидатуру на пост руководителя противовоздушной обороны Красной Армии. Никаких предварительных бесед с кандидатом не было. Поэтому сообщение о вызове в Москву к Сталину для утверждения и последующего назначения на новую должность застало Евгения Саввича врасплох. Он пытался даже приостановить ход событий:
«—Я бы не хотел...
Жуков понял его смятение и по-доброму улыбнулся.
— Для профсоюза это убедительно. А вы думаете, я хотел стать начальником Генерального штаба? Не вздумайте Сталину привести такой довод. Для него нужны веские аргументы, а у Вас их, мне думается, нет»{20}.
28 января 1941 года был подписан приказ наркома обороны, и 14 февраля генерал-лейтенант Е.С. Птухин вступил в должность начальника Главного управления Противовоздушной обороны Красной Армии.
С присущей ему энергией берется Евгений Саввич за новое дело. По его инициативе было принято решение подчинить в оперативном отношении соединения и части истребительной авиации, выделенные для обороны объектов на территории ряда зон ПВО, помощникам командующих войсками военных округов по противовоздушной обороне. Это решение было претворено в жизнь в апреле 1941 года. Но генерал-лейтенанта Птухина уже не было во главе ПВО Красной Армии. Должность руководителя ПВО Красной Армии тяготила его, и он настойчиво просил начальника Генерального штаба и наркома обороны о возвращении в более привычные Военно-воздушные силы. Наконец его просьба была удовлетворена. 21 марта 1941 года генерал-лейтенант Е.В. Птухин сдал дела генерал-полковнику Г.М. Штерну, а сам был вновь назначен командующим ВВС Киевского особого военного округа.