Но не успел Деникин вздохнуть с облегчением, почувствовав себя правителем столь громадного и, главное, богатого во всех отношениях региона, как оказался перед новым и неожиданным для него фронтом взбунтовавшихся казачьих правителей Кубани. Все они до этого тихо отсиживались в обозе его армии, теперь же дружно заголосили о суверенности своей области и ее независимости от добровольческого командования. Укрощая их, Деникин распространил на контролируемую им территорию "Положение о полевом управлении" 1915 г., ставившее местные власти в подчинение военным органам. Но тем самым, оказалось, лишь подлил масла в огонь разгоравшегося костра политических страстей. Но сами кубанцы, однако, раскололись на две группы, главным образом, по признаку внешнеполитической ориентации. Черноморцы, возглавлявшиеся Л.Л.Бычем, Н.С.Рябоволом и С.Шахим-Гиреем, ударились в украинофильство и сепаратизм. Преобладая численно, они захватили ключевые посты в раде и правительстве Кубани и укрепились в ее столице Екатеринодаре. Линейцы, сгруппировавшиеся вокруг атамана А. П. Филимонова и вынужденные довольствоваться лишь провинциальным Армавиром, стояли на позициях русских централистов и автономистов, связывали свою судьбу с Добровольческой армией. Это был единственный результат, которым мог довольствоваться Деникин. Но он еще и не предполагал, в какой он втягивается омут длительной борьбы, изнуряющей и разрушающей тыл его армии.
Черноморцы быстро перекрыли кубанские границы, запретили въезд "русских беженцев" и вывоз из области продовольствия и сырья. То же самое проделали и на Дону. Обмен между районами, подконтрольными Деникину, прекратился, поставив всю экономику перед большими трудностями. Рупор сепаратистов газета "Вольная Кубань" уже 22 сентября 1918г. высказала их сокровенные помыслы: Кубань в будущем "не помирится ни на самоуправлении, ни даже на автономии, а будет отстаивать суверенные права... Казачество хочет быть полноправным хозяином... Ему нужны свои порты и дороги, независимость при определении своих отношений к другим соседним областям или государствам".
Добровольцы, возлагавшие громадные надежды на казаков, оказались в состоянии конфронтации с их правительствами. В печати развернулась открытая и острая перебранка. А. И. Калабухов, один из правителей Кубани, официально закрыл все проденикинские организации и газеты - как сеющие недоверие к краевой власти и дискредитирующие высших "представителей соседних дружественных новообразований". Части, укомплектованные кубанцами, получили приказ выйти из подчинения Деникину. А они составляли половину его армии. Советники Деникина предложили ему покинуть Кубань, но он, проявляя осторожность, не согласился с ними.