Получив ответ (генерал армии Антонов представил его Сталину 23 ноября 1944 г.), советское руководство должно было окончательно определить, чем был инцидент в районе Ниша: заранее задуманной провокацией или случайным, роковым стечением обстоятельств? От этого, прежде всего, зависела реакция на случившееся, а значит, и перспективы боевого сотрудничества.
Что касается фронтового командования в лице генерала С.С. Бирюзова, то, судя по его воспоминаниям, оно делало однозначный вывод: налет американской авиации носил провокационный характер. Не верил маршал и в искренность извинений, которые принесли представители союзников на Средиземноморском театре военных действий. С Бирюзовым солидаризировался А.К. Блажей, квалифицировавший происшедшее как «предательский удар из-за угла».
Судя по документам, у маршала Бирюзова и генерала Блажея едва ли были веские основания судить столь категорично. Скорее всего, на их взглядах сказалось дыхание «холодной войны», в атмосфере которой вышли в свет их книги. Высшее же руководство Советского Союза в то время злого умысла в инциденте в районе Ниша, судя по всему, не увидело и расценило его как трагическую случайность, результат навигационной ошибки, согласившись с выводом союзников.
Не исключено, конечно, что Сталин допускал возможность сознательной провокации со стороны американцев, которые таким кровавым способом могли, по его мнению, попытаться доказать советской стороне необходимость внедрения своих офицеров связи в штабы советских войск. Соглядатаев, которые бы разнюхивали планы наших действий в Восточной Европе, Верховный пускать в расположение наших войск не хотел. Но и раздувать скандал не стал, дабы не иссякал поток союзных поставок по ленд-лизу: только в 1944 г. советские ВВС получили из США 5887 самолетов.
Вместе с тем советская сторона продолжала настаивать на том, чтобы американцы пунктуально соблюдали уже имевшиеся договоренности о координации совместных действий. При этом были проявлены не только твердость, но и необходимая гибкость. В развитие имевшихся с американцами договоренностей о координации боевых действий советский Генштаб определил, а Верховный Главнокомандующий утвердил новую временную границу для действий союзных воздушных флотов перед советско-германским фронтом на всем его протяжении. Предложенная союзникам, она по получении 26 ноября 1944 г. их согласия была введена в действие, о чем 6 декабря генерал армии Антонов доложил Сталину На южном фланге разграничение шло от Сараева на юг, через Призрен — Прилеп до южной границы Югославии и далее на восток по северной границе Греции до Черного моря