В 2000 году акционерами CompTek — компании, создавшей и в течение долгого времени развивавшей проект Яndex, была учреждена компания "Яндекс". Компания ru-Net Holdings инвестировала 5 млн 280 тыс. долларов и получила в новой компании долю в 35,72 %. В число акционеров вошли также менеджмент и ведущие разработчики поисковой системы. Генеральным директором стал Аркадий Волож. Но история Яндекса началась задолго до этого события.
Десятью годами ранее в компании "Аркадия" начались разработки поискового программного обеспечения. Через два года были созданы две информационно-поисковые системы — Международная классификация изобретений, а также Классификатор товаров и услуг. Системы работали под DOS и позволяли проводить поиск, выбирая слова из заданного словаря с использованием стандартных логических операторов.
Еще через год "Аркадия" стала одним из подразделений компании CompTek и в течение двух последующих лет выполняла работы по усовершенствованию поисковых технологий. В сотрудничестве с лабораторией Ю. Д. Апресяна (Институт проблем передачи информации РАН) был разработан словарь, обеспечивающий поиск с учетом морфологии русского языка. Теперь пользователи могли задавать в запросе любые формы слов.
Эти разработки позволили создать "Библейский компьютерный справочник", справочник стандартов "Информ — Норматив", электронные научные издания "А. С. Грибоедов", "Пушкин. Электронный фонд русской классической литературы", словарь языка Грибоедова.
Следующим шагом стала разработка алгоритма построения гипотез, после чего морфологический разбор перестал быть привязанным к словарю — если какого-либо слова в словаре нет, то находятся наиболее похожие на него словарные слова, и по ним строится модель словоизменения.
Летом 1996 года руководство компании CompTek и разработчики поисковой системы пришли к выводу, что развитие самой технологии важнее и интереснее, чем создание прикладных продуктов на базе поиска. Исследования рынка показали своевременность и большие перспективы поисковых технологий.