ОКБ-1 предлагало выполнить эскизный проект Р-9В совместно с ОКБ-586 и ОКБ-2 А.М. Исаева, имевшего большой опыт разработки азотнокислотных двигателей, а также обещало затем полностью передать эту работу днепропетровской организации. Но в случае принятия этого предложения обнулялась почти трехлетняя работа ОКБ-586 по Р-16.
В соответствии с докладной запиской, при привлечении необходимых сил и средств летные испытания варианта Р-9А можно было начать в 1960 г., а в следующем году – приступить к выпуску серийных изделий. Однако на этой докладной записке отсутствовала подпись непосредственного руководителя большинства подписавших ее главных конструкторов – председателя Госкомитета по оборонной технике К.Н. Руднева.
Его критическая позиция в отношении «девятки» была более чем оправдана. Работы по Р-16 велись с 1956 г., уже началась наземная отработка ее агрегатов, в том числе огневые стендовые испытания экспериментальных вариантов маршевых двигателей. Хотя установленные в 1958 г. сроки испытаний и сдачи Р-16 на вооружение и не удовлетворяли руководство страны, их можно было сдвинуть на более ранний период. Это было целесообразней, чем начинать практически с нуля разработку «девятки». Кроме того, при опережающих сроках создания Р-9 утрачивался смысл работ по Р-16. Все «большое ракетостроение» практически монополизировалось ОКБ-1 и лично Королевым, перед которым, помимо прочих, уже были поставлены важнейшие задачи, связанные с освоением космоса.
Показательным являлось и то, что в докладной записке даже не предусматривалась подпись главного двигателиста В.П. Глушко. Сказались как его давно уже испорченные отношения с С.П. Королевым, так и нежелание заниматься сложными в отработке мощными кислородными двигателями.
С другой стороны, у Р-9 имелись и могущественные сторонники. Их тоже можно было понять. Дело даже не в лучшей точности Р-9Ас комбинированной системой управления и не в меньшем весе и габаритах, допускающих перевозку собранного изделия (Р-16 перевозилась на двух тележках, отдельно по ступеням). Ведь в итоге ни Р-16, ни Р-9А не стали мобильными комплексами даже в понимании 1950-х гг. с уровнем подвижности, обеспеченной на Р-12. Главное заключалось в том, что Р-9А подстраховывала Р-16, в которую было заложено слишком много элементов новизны – прежде всего применение «гептила», на использование которого в Р-9В не решился Королев.
В конце концов решили начать проектирование Р-9А и одновременно ускорить разработку янгелевского изделия. Подобного рода компромиссы в дальнейшем стали своего рода традицией, радостной для конструкторов, но разорительной для экономики страны.