Докладные ЦК КПСС с предложениями по ускорению работ по Р-16 и по созданию Р-9А были направлены 18 и 20 апреля 1959 г., а через месяц – одновременно утверждены соответствующие постановления партии и правительства.
Постановление от 17 мая 1959 г. №521-235 поручило ОКБ-1 разработку МБР Р-9А со стартовым весом 80 т на дальность 12000-13000 км. Точность попадания при использовании на ракете комбинированной системы управления должна была составлять около 10 км, а с применением автономной СУ без радиокоррекции – около 15 км. При этом руководство страны справедливо отвергло предложения по Р-9В, решив не дублировать уже достаточно далеко продвинутые работы по Р-16, тем более – не свертывать их. В тот же день оно Постановлением №514-232 придало импульс для ускорения работ по Р-16 с тем, чтобы начать ее летные испытания в конце 1960 г.
Разработка Р-9А (обозначение «Р-9» уже не употреблялось в официальных документах) осуществлялась кооперацией, сложившейся еще в конце 1940-х гг. Система управления создавалась в НИИ-885 главными конструкторами Н.А. Пилюгиными и М.С. Рязанским, гироприборы – в НИИ-944 под руководством В.И. Кузнецова, наземное оборудование – сотрудниками ГСКБ «Спецмаш», возглавляемыми В.П. Барминым. Традиция была нарушена тем, что наряду с задействованием ОКБ-456 во главе с Глушко на создание жидкостного ракетного двигателя (ЖРД) первой ступени, на второй ступени нашлось место под солнцем для авиационного двигателестроительного ОКБ-154 С.А. Косберга, только с 1957 г. начавшего сотрудничать с ОКБ-1 по двигателям для космических носителей.
Еще на стадии подготовки постановления по Р-9А Глушко всячески уклонялся от привлечения его к созданию сложных в отработке кислородных ЖРД, предпочитая развивать избранное Янгелем азотнокислотное направление. С учетом этого составленная из руководителей промышленности и министра обороны специальная Комиссия по реализации указаний и предложений тов. Н.С. Хрущева посоветовала Королеву подключить к созданию двигателей для Р-9А КБ авиапромышленности.
В выпущенном в октябре 1959 г. эскизном проекте наряду с основным вариантом Р-9А в качестве модернизации была представлена ракета Р-9М с установкой на первой ступени двигателя НК-9, разработанного специализировавшимся по турбовинтовыми двигателями авиационным двигателестроительным ОКБ-276 Н. Д. Кузнецова, а на второй ступени – более мощного двигателя Косберга, ранее предназначавшегося для космического носителя 8К78 («Молния»), Королев все более разочаровывался в сотрудничестве с Глушко и в последние месяцы 1959 г. обратился к ЦК КПСС, а также лично к его секретарю Л.И. Брежневу с предложением полностью перевести разработку Р-9А на применение кузнецовского двигателя, выполненного по очень перспективной, но вто время еще не отработанной «замкнутой схеме» с дожиганием генераторного газа после его выхода из турбонасосного агрегата в основной камере сгорания. Достигнутый выигрыш в удельном импульсе в 16 кг.с/кг позволил бы снизить стартовый вес Р-9А на 13 т или установить более мощную головную часть. Существовал и еще один вариант с аналогичной двигательной установкой – ракета 8К77 с усовершенствованной теплоизоляцией баков.