По отзывам, управлять БМД-3 в целом значительно легче, чем БМД-1 и БМД-2.
За перегородкой, ограничивающей переднее отделение (на перегородке имеются укладки для личного оружия, личного табельного имущества и запасных частей), находится боевое отделение. Боевое отделение располагается в средней части БМД и занимает башню и подбашенное пространство. Сзади оно ограничено перегородкой, за которой размещено моторнотрансмиссионное отделение (МТО).
В башне установлено основное вооружение машины и оборудованы рабочие места командира (справа от пушки) и наводчика-оператора (слева). Для удобства их работы установлен подвесной пол башни, который вращается вместе с ней. На подвесном полу размещается часть узлов и агрегатов боевого отделения, также к нему крепятся сиденья наводчика-оператора и командира, рукава подачи системы питания, магазин пулемета и звеньесборник.
Регулируемые по высоте сиденья командира и наводчика-оператора незначительно отличаются по конструкции. В частности, сиденье наводчика-оператора оснащено специальным ремнем, используемым в качестве дополнительной опоры при работе с пусковой установкой ПТУР.
Над сиденьем командира в крыше башни находится командирская башенка, связанная механизмом поворота основания люка с погоном башни. В башенке установлены прибор ночного видения ТКН-ЗМБ (имеет дальномерную шкалу для определения расстояния до цели) с осветителем ОУ-ЗГА-2, приборы наблюдения ТНПО-170А и ТНПТ-1.
Наводчик-оператор для наблюдения пользуется тремя дневными призменными приборами ТНПО-170А и прибором ТНПТ-1 с большими углами обзора в вертикальной и горизонтальной плоскостях.
Углы обзора боевого расчета при закрытых люках и секторы наведения вооружения БМД-3. Показаны также размеры «мертвой зоны» обстрела.
Разрез защитного колпака, устанавливаемого на люк механика- водителя.
Вид сзади на БМД-3. Хорошо видны заслонки водометов, лючок доступа к гидрообъемной передаче, патрубки выпуска отработавших газов, ящики ЗИП (поплавки).
БМД-3 на марше. Механик-водитель располагается по-походному.
За башней, перед перегородкой размещены места стрелка-гранатометчика (у правого борта) и старшего стрелка (у левого борта). Для наблюдения и стрельбы рабочие места десантников, размещенных у бортов, оснащены призменными приборами ТНПО-170А. Для посадки и высадки десанта служит прямоугольный кормовой люк с большой крышкой. Петли крышки (для облегчения ее открывания и предотвращения резкого падения при закрывании) оснащены пучковыми торсионами.
В МТО (в кормовой части корпуса машины) расположены двигатель и трансмиссия с обслуживающими их системами, и два водометных движителя. Также в МТО установлены: по правому борту – правый топливный бак, воздухозаборное устройство фильтро-вентиляционной установки, двигателя и вентилятора обдува компрессора, бак гидросистемы ходовой части; по левому борту – левый топливный бак, масляный бак с маслозакачивающим насосом и подогреватель. Кроме того, имеются две пневморессоры, водооткачивающий насос с электроприводом, термодатчики и распылители системы ППО, контактные свечи систем откачки воды из корпуса. Сверху МТО закрывается съемными листами и баком-крышей, расположенным над двигателем. На съемных листах крыши установлены решетки для предотвращения соскальзывания ног десантников при посадке и высадке. В кормовой части МТО находятся короба эжекторов, в которых размещены глушители, эжектор отсоса пыли, масляные и водяные радиаторы.