Спаренный с пушкой пулемет ПКТ имеет ленточное питание (в ленте 2000 патронов) и боевую скорострельность 250 выстр./мин, снабжен электроспуском, установка пулемета включает амортизатор и механизм ручной перезарядки.
ПТРК 9П135М предназначен для борьбы с танками и другими бронированными целями. Он может использоваться также против зависших вертолетов, легких полевых сооружений и огневых точек противника. Комплекс включает ПТУР и пусковую установку (ПУ) 9П135М1.
ПТУР 9М113 («Конкурс») и 9М113М («Конкурс – М») размещены в транспортно-пусковых контейнерах с вышибной двигательной установкой, имеют полуавтоматическую систему управления с передачей команд управления по проводам, твердотопливный разгонно-маршевый двигатель, аэродинамические рули, кумулятивную боевую часть. ПУ монтируется на крыше башни между люками командира и наводчика-оператора, состоит из наземной аппаратуры управления с прибором наведения 9Ш119М1, закрытого броневым колпаком, направляющей, погонного устройства, приводов наведения и кнопки «ПУСК». ПУ обеспечивает горизонтальный угол наведения поворотом башни (360°), угол возвышения +15°, угол склонения -5°. Масса ПТУР – 23,8 кг. Дальность стрельбы ракетой 9М113 – от 75 до 4000 м. ПТРК может использоваться и для стрельбы с грунта, для чего в боевом отделении у перегородки МТО располагаются треножный станок 9П56М и вьюк комплекта 9К111.
Необходимо отметить, что в БМД-3 может также размещаться дополнительный боекомплект из 360 выстрелов к пушке (БТ, ОФЗ и ОТ выстрелы) идвух ПТУР. Поскольку дополнительный боекомплект не учитывается в боевой массе машины, то ее десантирование в этом случае производится только с тремя членами боевого расчета (командир, механик-водитель, наводчик-оператор).
В состав дополнительного оружия входят 5,45-мм пулемет РПКС74 (размещается в лобовом листе корпуса справа в шаровой установке) и 30-мм автоматический гранатомет АГС-17 (слева в лобовом листе корпуса), что явилось существенным новшеством по сравнению с БМД-1 и БМД-2. С его помощью была решена давняя проблема использования ручного пулемета, имевшегося в парашютно-десантном отделении, для стрельбы из машины. РПКС74 является личным оружием члена боевого расчета, поэтому он применяется как для стрельбы из машины, так и вне ее. Стрельба из пулемета ведется патронами как с обыкновенными, так и трассирующими пулями, снаряженными в магазины емкостью по 45 патронов (в боекомплекте пять магазинов). Боевая скорострельность пулемета -до 150 выстр./мин, эффективная дальность стрельба из пулемета по легким наземным целям-до 600 м.