Введение автоматического гранатомета придало БМД-3 новые возможности по поражению живой силы противника – как открыто расположенной, так и в укрытиях открытого типа. Это увеличило огневые возможности машины на пересеченной местности, в населенных пунктах и т.п. АГС-17 имеет боекомплект 290 выстрелов, ленточное питание и скорострельность 350- 450 выстр./мин – при автоматическом огне и 50- 100 выстр./мин – при стрельбе одиночными выстрелами. Огонь ведется короткими (до пяти выстрелов) и длинными (до десяти выстрелов) очередями. Предельная дальность стрельбы – 1700 м.
Таким образом, борьбу с открытой живой силой на больших дальностях (до 4000 м) может вести пушка 2А42, на средних (до 1300 м) – спаренный ПКТ, на малых (до 800 м) – курсовой РПКС74 и оружие десанта, на малых дальностях и за укрытиями – АГС-17. Гранатомет АГС-17 также может сниматься с установки в машине и вести огонь с грунта (для этого служат возимые на машине треножный станок и прицел ПАГ-17).
При стрельбе из курсового гранатомета АГС-17 гранатометчик использует перископический прибор-прицел ППБ-2-2 с полем зрения не менее 25,5'. Для стрельбы из пулемета РПКС74 применяется перископический прибор ТНПП-220А (с кратностью увеличения 1,5х , полем зрения 10').
Свой вклад в поражение и подавление легких наземных целей при действии с машины могут внести остальные десантники боевого расчета, ведя огонь из автоматов через три амбразуры с шаровыми установками. Боекомплект автоматов АКС74 составляет 2160 патронов. При стрельбе из машины на автомат крепится возимый в ЗИПе улавливатель гильз.
Броневая защита БМД-3 – противопульная. Корпус машины сварен из катаных листов броневого алюминиевого сплава. При использовании того же сплава, что и для корпусов БМД-1 (БМД-2), толщина многих броневых деталей увеличена.
Лобовые листы корпуса БМД-3 имеют сравнительно большие углы наклона, что повышает их защитные свойства. Бортовые листы – вертикальные. Для увеличения жесткости днищу придана корытообразная форма с реданом, с фланцами крепления на болтах съемных опор для балансиров с опорными катками ходовой части. Кроме того, для приемлемой противоминной стойкости днище корпуса имеет два продольных зига и четыре поперечных балки.
Лобовые листы корпуса обеспечивают защиту от 12,7-мм пуль (обстрел корпуса на испытаниях проводился 12,7-мм пулями Б-32) с дистанции 75 м, остальные (бортовые и кормовые) от 7,62-мм пуль (включая бронебойно-зажигательные) – на любой дистанции.
Коническая башня сварена из стальных броневых листов (броневых секторов, крыши, опорного и переднего листов) и установлена на шариковой опоре на подбашенном листе крыши корпуса. Бронирование башни защищает от 7,62-мм пуль Б-32 с любой дальности вкруговую, лобовой ее части – от 12,7-мм пуль Б-32. При этом обеспечивается также защита от осколков снарядов и мин.