После кратких заводских испытаний машину в таком виде в декабре 1930 г. направили в исследовательский центр DVL в Адлерегофе для государственных сертификационных испытаний. По требованию специалистов DVL фирма внесла некоторые изменения в оборудование и поставила четырехлопастный пропеллер, тоже деревянный.
В феврале 1931 г. германское министерство транспорта выдало официальный сертификат летной годности. 17 февраля фирма устроила в берлинском аэропорту Темпельгоф презентацию своего нового детища. Кроме журналистов, там присутствовали представители авиакомпаний и иностранных посольств. Среди последних находились специалисты из Инженерного отдела посольства СССР, отснявшие самолет целиком и по узлам, снаружи и изнутри. Фотографии и описание машины тут же отправили с курьером в Москву.
В июне 1931 г. Ju 52be проходил эксплуатационные испытания в авиакомпании «Люфтфрако». Через четыре недели самолет вернули «Юнкерс», и ее пилоты повели машину в демонстрационный тур по балканским странам. Маршрут протяженностью 6000 км пролегал над Венгрией, Румынией, Болгарией, Югославией, Чехословакией и Австрией. Отзывы были благожелательными, но заказов не последовало.
Руководство фирмы на свой страх и риск начало серийное производство. Одномоторных Ju 52 построили немного, и фактически все машины этого типа отличались друг от друга. Ju 52bi с двухрядным звездообразным мотором Армстронг-Сидцли «Леопард» (800 л.с.) на самом деле являлся вторым опытным образцом. От первого он отличался не только двигателем, но и увеличенным рулем направления. Этот самолет стоял не на колесах, а на поплавках. В июле 1931 г. его испытывали на р. Эльбе. После испытаний на гидроплан установили новое, усиленное крыло, что привело к переименованию машины в Ju 52ci. В ноябре 1931 г. самолет отправили на Балтийское море, в Травемюнде, для продолжения испытаний.
Третья машина, Ju 52се, считалась первой серийной. Она имела крыло по типу второго образца и мотоустановку, как у первого. Шасси было колесным. Хотя самолет зарегистрировали в качестве гражданского, он использовался для буксировки мишеней-рукавов, по которым палили зенитчики Рейхсвера. Еще один Ju 52се собрали на поплавках. В сентябре 1932 г. его передали в школу летчиков гражданской авиации, расположенную на побережье Балтики. На самом деле школа готовила пилотов и штурманов для официально не существующей морской авиации. Позднее эту машину приспособили для испытания авиационных торпед.
Первым пассажирским самолетом стал Ju 52cai с салоном на 15 мест. Пассажиры сидели в два ряда вдоль бортов, лицом вперед по полету. Эта модификация оснащалась мотором BMW XIaU (800 л.с.). Сертификат на нее выдали в феврале 1933 г. Самолет передали как служебный комиссии по авиационной промышленности, но эксплуатировали его недолго – 27 мая того же года он разбился и сгорел.