Циндель взял за основу проект самолета W33, но значительно увеличил габариты. Крыло, в частности, стало примерно в полтора раза длиннее. Общая компоновка и конструкция самолета оставались традиционными для фирмы «Юнкерс», напоминая ранее выпущенные F13, W34 или G31. Это был свободнонесущий моноплан с нижним расположением крыла. Под задней кромкой последнего подвешивались большие закрылки – применялась схема «двойного крыла», придуманная еще основателем фирмы Гуго Юнкерсом. Наружные секции закрылков работали как элероны, внутренние – как щитки. Устройство было весьма эффективно для тихоходных самолетов, обеспечивая большую подъемную силу крыла, малый разбег на взлете и пробег на посадке.
В отличие от более ранних машин фирмы «Юнкерс» основой каркаса крыла являлись четыре ферменных лонжерона из стальных труб. Многолонжеронное крыло дало при приемлемом весе высокую прочность и хорошую стойкость к повреждениям.
Емкий плоскобортный фюзеляж позволял размещать громоздкие грузы, подававшиеся внутрь либо через большие люки в бортах (по два на каждой стороне), либо через люк в потолке кабины. При использовании машины в качестве пассажирской в салоне устанавливалось до 17 кресел. Под полом салона находились четыре вместительных багажника.
Колеса в полете не убирались – для тех скоростей, на которых предстояло летать Ju 52, это было просто бессмысленно. Наоборот, прочное и жесткое неубирающееся шасси расширяло количество взлетных площадок, с которых мог работать новый самолет. Альтернативой колесам служили лыжи или поплавки.
Самолет был цельнометаллическим – фирма «Юнкерс» деревом никогда не пользовалась. Обшивка являлась несущей и выполнялась из гофрированного дюралевого листа. Металлическая машина могла эксплуатироваться в любом климате – от холодного севера до жаркого юга. Для нее не являлось проблемой хранение пся открытым небом.
Экипаж Ju 52 должен был состоять из двух пилотов, сидевших бок о бок.
Самолет параллельно проектировали в двух вариантах – одномоторном и трехмоторном. Но опытный образец решили строить с одним двигателем L88 мощностью 800 л.с. – 12-цилиндровым V-образным мотором водяного охлаждения. Ему предстояло вращать четырехлопастный металлический (дюралевый) винт фиксированного шага.
К постройке опытного образца, названного Ju 52ba, приступили в начале 1930 г. К концу сентября сборку закончили, а 13 октября шеф-пилот фирмы «Юнкерс» В. Циммерманн впервые поднял моноплан в воздух. Но первые же полеты продемонстрировали ненадежность мотора L88, и его заменили на менее мощный, но лучше доведенный BMW VllaU (685 л.с.). Некоторые авторы утверждают, что замену двигателей произвели еще на стадии рулежки и с L88 машина вообще не летала. В придачу к новому мотору самолет получил и новый винт – двухлопастный деревянный. В связи с переделкой мотоустановки обозначение изменили на Ju 52be.