Крупные переделки пришлись на долю базы № 405, считавшейся головной. Среди них следует упомянуть проект замены трех моторов BMW 132 двумя отечественными АШ-62ИР. Чертежи разработали инженеры базы № 405, и там же изготовили опытную мотораму. К 28 сентября 1943 г. были закончены ее статические испытания. В октябре – ноябре велась переделка одного «юнкерса» под пару АШ-62ИР, но неизвестно, была ли она завершена.
С конца весны 1943 г. Ю-52 стали широко использоваться для перевозок в Европейской части СССР. Поначалу они действовали на службы ПВО как красная тряпка на быка. При появлении характерного силуэта сразу открывалась пальба. 29 апреля зенитная артиллерия обстреляла самолет, летевший из Сызрани в Куйбышев. Обошлось – ни жертв, ни пробоин. А вот 12 мая Ю-52, шедший из Челябинска, угодил под огонь вблизи моста в Ульяновске. Машина совершила вынужденную посадку на аэродроме Стригино. Механики нашли две приличные пробоины в правом крыле. Такие случаен были не единичны.
Много самолетов простаивало из-за отсутствия резины. На 25 октября ГВФ имел 31 Ю-52, в том числе 23 исправных, но шесть из них оказались «разуты». Предлагалось даже заменить немецкие колеса на колеса от Ли-2. На базе № 405 выполнили комплект чертежей. Правда, дальше дело не пошло.
С 21 сентября «Аэрофлот» возобновил регулярное движение на ряде воздушных линий. Ю-52 работали на трассах Свердловск- Красноярск и Куйбышев – Ташкент – Алма-Ата.
К зиме «юнкерсы» поставили на лыжи. Лыжи были разные: и от Ли-2 (их устанавливали на базе № 405), и от ТБ-1, и специальные. Последние разработали в НИИ ГВФ. Впервые их смонтировали на самолете Л-23 в октябре 1943 г.
На 1943 г. ставилась задача получить 25 Ю-52. План перевыполнили: по документам ВВС гражданской авиации сдали 27 «юнкерсов». На 1 января в строю числились 29 Ю-52 (в том числе 21 исправный). Потеряли же всего один. 24 октября 1943 г. самолет с номером Л-37 упал и сгорел у станции Аша. Экипаж погиб.
По мере того, как менялась ситуация на фронте, трофеев становилось все больше. «Юнкерсы» продолжали поступать в ГВФ, восполняя сравнительно небольшие потери (в 1944 г. лишились трех самолетов, в 1945 г.-двух). Число машин постепенно росло, но уже никогда не было такого количественного скачка, как после Сталинградской битвы. На 1 июня 1944 г. их имелось 30, на 1 января 1945 г. – 31.
Согласно постановлению ГКО от 12 декабря 1944 г. все трофейные Ю-52 подлежали сдаче в ГВФ. Но имелись и исключения. Один «Юнкерс» довольно долго служил в санитарном отряде ВВС Балтийского флота. Три летающих тральщика эксплуатировались после войны на Черном море. Они уничтожали магнитные мины у побережья Крыма, в районе Одессы и в устье Дуная.