Но большая часть трофеев все-таки поступала в гражданскую авиацию. После капитуляции Германии в Советский Союз эшелонами погнали самолеты, моторы, различное оборудование и запасные части. К 1 октября 1945 г. парк ГВФ насчитывал уже 37 «юнкерсов». Из них пять совершенно исправных самолетов прибыли из Румынии – их изъяли по распоряжению союзной контрольной комиссии.
Теперь «юнкерсы» работали не только в Московском управлении. Уже с 1944 г. ГВФ, изрядно пополнивший свой состав Ли-2 и американскими С-47, мог себе позволить оснащать новыми машинами и тыловые подразделения. Они начали оттеснять Ю-52 на окраины страны. Семь самолетов отправили в Туркмению для перевозки серы. Им предстояло заменить устаревшие и предельно изношенные Г-2. Четыре Ю-52 работали там уже с конца 1944 г. Вернее, работали три – четвертый долго ждал новые моторы. Один из этих самолетов (пилота Борового) разбился 15 марта 1945 г. во время вынужденной посадки на двух моторах.
Две машины прибыли в Якутию. Два самолета в Таджикистане обслуживали линию на Куляб. Среди пилотов там работали две женщины. Одна из них, Комиссарова, погибла в катастрофе в 1945 г.
В Средней Азии мотоустановку Ю-52 подвергли доработке. Немецкие двигатели сильно страдали от песчаной пыли. Даже зимой поршневые кольца изнашивались за 15 – 20 летных часов. В первых числах июня 1945 г. на правый и средний моторы самолета Л-68 установили воздушные фильтры конструкции НИИ ГВФ. На левом по предложению местных умельцев всасывающий патрубок установили не под мотогондолой, а над нею. После успешных испытаний на линиях Ашхабад – Ташауз и Ашхабад – Дарваза на всех самолетах в Туркмении средние моторы оборудовали новыми всасывающими патрубками. Позднее появился другой вариант патрубка, опробованный на машине Л-35.
Последний Ю-52 поступил в ГВФ в 1946 г. После того, как на линии вышли высвободившиеся от обслуживания фронта Ли-2 и С-47, большой необходимости в использовании немецких самолетов уже не ощущалось. 28 июня 1947 г. был издан приказ начальника ГУ ГВФ о списании и дальнейшем использовании трофейной техники. После дефектации к концу года списали девять наиболее изношенных Ю-52, еще один разбился в аварии. На 1 декабря всего имелось 23 «юнкерса». Впредь их предписывалось использовать только как грузовые в отдаленных районах. Например, в Восточно-Сибирском управлении Ю-52 вошли в 10-й транспортный отряд и стали возить продовольствие на прииски.
В 1948 г. из списков исчезли еще десять «юнкерсов». По результатам проводившейся в мае переписи самолетного парка в наличии оставались две машины – одна ждала списания, вторая долетывапа ресурс в Восточной Сибири. На 1 июня в списках находился всего один Ю-52. К концу года не стало и его.