В Люфтваффе «юнкерсы» стали красить со всех сторон черно-зеленой эмалью RLM 70. Черная окраска мотогондол, полос на крыле и прочего сохранялась. В начале 1938 г. ввели покрытие нижних поверхностей фюзеляжа, крыла и оперения светло-голубой краской RLM 65. Одновременно красную полосу и белый круг на ней на вертикальном оперении ликвидировали как демаскирующие. Черная свастика с белой окантовкой стала наноситься на киль без захода на руль направления. Прекратили также красить в черный цвет все элементы конструкции снаружи.
С октября того же года появился двухцветный камуфляж верхних и боковых поверхностей самолетов. Он складывался из полей черно-зеленого (RLM 70) и темно-зеленого (RLM 71) цветов. Они наносились большими угловатыми сегментами, разделявшимися по ломаным линиям. Граница цветов была резкой. Однотонная и двухцветная схемы окраски использовались параллельно, но однотонная на транспортных самолетах встречалась значительно чаще.
В 1940 г. изменили бортовые коды. Они стали состоять из одной цифры и трех букв по схеме 1Z+HU. Знаки слева от креста обозначали эскадру. Например, «1Z» соответствовало KGzbV 1. Первая буква справа от креста показывала самолет в эскадрилье. Она могла быть не черной или иметь цветную обводку (у каждой эскадрильи своего цвета). Вторая буква справа обозначала подразделение в эскадре. «А» – штаб эскадры, от «В» до «F» – штабы групп, далее – эскадрильи. Код, как и раньше, повторялся на нижней поверхности крыла. Иногда на самолетах присутствовали только две последние буквы, а код эскадры наносился на руле направления.
Машины, принадлежавшие летным школам, различным нестроевым подразделениям, а также еще не переданные в строевые части после выпуска с завода или капитального ремонта, обозначались сочетанием из четырех букв по типу BJ+YD.
Санитарные самолеты вместо традиционных черных крестов Люфтваффе несли изображение большого красного креста на белых кругах на тех же шести местах. Свастика на оперении при этом сохранялась.
Театр военных действий, где применялся самолет, мог обозначаться цветными полосами. Впервые такие полосы нанесли во время вторжения в Австрию. Это были две узких красных (RLM 23) полосы, нарисованные на фюзеляже за задней кромкой крыла. В Средиземноморье пользовались одной широкой белой (RLM 21) полосой в хвостовой части. На Балканах такая же полоса была желтой.
На территории СССР тоже наносили желтую (RLM 04) полосу на фюзеляж, а иногда красили в желтый цвет капоты моторов и законцовки крыла и горизонтального оперения.