Основное положение теории разумного замысла на самом деле родилось задолго до Джонсона. Великий физик и химик Роберт Бойль (1627–1691), более всего известный открытием закона Бойля, связанного с поведением газов, утверждал почти то же самое в своей книге «Origin of Forms and Qualities» (Происхождение форм и качеств) в 1666 году: Вселенная — это машина, которую создал Бог. Более значительным предшественником современных сторонников теории разумного замысла был английский зоолог Сент-Джордж Джексон Майварт (1827–1900), который в книгах «On the Genesis of Species» (К вопросу о происхождении видов) (1871) и «Man and Apes» (Человек и приматы) (1873) признавал саму эволюцию, но не механизм естественного отбора. Будучи ревностным католиком, Майварт сумел объединить доказательства эволюции и свои религиозные убеждения, допуская, что эволюционные приспособления, скорее всего, были задуманы и управлялись Богом. Его мнение основывалось на заблуждении, которое часто предлагают и современные сторонники теории разумного замысла как якобы серьезное доказательство своих заявлений: любое приспособление не становилось фактором выживания, пока не закреплялось окончательно, так что его нужно было создать — а кто еще мог это сделать, как не Бог? Доводы, выдвигаемые Майвартом в пользу этой схемы, были достаточно весомы, так что Дарвину в последних изданиях работы «Происхождение видов» (1859) пришлось ввести особый раздел, в котором они опровергались.
Майварт был отнюдь не единственным, кто уперся в вопрос существования души. Как минимум еще одним был Альфред Рассел Уоллес, утверждавший, что человеческий разум не может объясняться одним лишь естественным отбором, а следовательно, его должен был изобрести Бог. Из заметных американских эволюционистов примерно то же говорил Джордж Фредерик Райт (1838–1921). Сомнения Уоллеса и Райта основывались на том факте, что в то время никто не мог сказать, чем же на самом деле является человеческое сознание. Было понятно, что оно располагается в мозге, но его нельзя было отнести просто к функции мозга. Это непонимание возникло не только потому, что «изобретение» нейрологии было вопросом далекого будущего; на самом деле причина заключается в том, что лишь в последние несколько лет мы приблизились к некоторому пониманию физической основы человеческого сознания и создавшего его эволюционного процесса.
Положение о «неупрощаемой сложности», являющееся основной гипотезой сторонников теории разумного замысла, заключается в том, что определенные биологические компоненты не имеют смысла как случайно развившиеся структуры: пока они окончательно не займут своего места в сложной структуре, они бесполезны; следовательно, намерение должно существовать до того, как они начнут развиваться. Это намерение сторонники теории разумного замысла приписывают Создателю, которого они, пытаясь включить теорию разумного замысла в американскую школьную программу, избегают называть Богом: ведь если гипотеза религиозна по своей сути, то ее преподавание в рамках школьной программы запрещено существующим законодательством, отделяющим Церковь от государства.