Почти одновременно с этим требованием великий князь и митрополит, каждый в свою очередь, прислали Геннадию грамоту о том, чтобы он изъявил согласие на поставление владыки на упразднившийся престол Коломенской епископии, но не сообщили ему имени того, кому надлежало быть епископом. Геннадий не захотел дать такой безымянной отписи: «Аз отписи даю такие законные, как оные братья наши давали», писал он к собору епископов и просил митрополита и великого князя сообщить ему имя будущего Коломенского владыки, а равно и впредь именовать ему тех, кого случится ставить в архиереи.
Около того же времени, преследуя по-прежнему еретиков, Геннадий допрашивал возвратившегося из Москвы Самсонко и на допросе узнал от него подробности о кружке Федора Курицына и обо всех тех лицах, которые бывают у великокняжеского дьяка. Этот Самсонко оказался еретиком, как подтвердило следствие, которое по обыкновению Геннадий производил не один, а со своим боярином, с игуменами, священниками и с двумя боярами великого князя и с его же боярскими детьми, как пишет он сам в своем Послании к собору.
Самсонко передан был Геннадием гражданскому суду. Его пытали. В Москве стали говорить, что Геннадий мучил Самсонко. «Аз ли того Самсонка мучил», — защищается Геннадий в Послании к собору епископов, — «ведь пытал его сын боярской великого князя, а мой только был сторож, чтобы посула никто не взял». После этого в Москве перестали доверять его обыскам.
Между тем в Новгороде появилось вновь иконоборство, и среди многих нечестивых поступков особенно резко выдался поступок, ужаснувший набожную душу Геннадия. Подьячий Алексей Костев, живший на поместье в Новгороде, напился пьян, влез в часовню, «да сняв с лавици икону пречистые на нее скверную воду спускал и иные иконы в верх ногами переворочал». Этот нечестивый поступок дошел впоследствии до сведения Досифа.
Но всего тяжелее для Геннадия была борьба с чернецом Захаром. Около Новгорода, в Немчинове был монастырь, в котором настоятелем был чернец Захар. Пришли раз к Геннадию чернецы этого монастыря и жаловались на Захара, что он уговорил их отойти от своего государя, князя Вельского, у которого они были боярскими детьми, и вот прошло три года, как он не дает им причастия и сам не причащается. Геннадий призвал к себе Захара.
«Зачем ты так чинишь и три года не причащался?» — спросил Захара Геннадий. «Грешен есми», — отвечал Захар. И Геннадий опять спросил его: «Зачем ты перестриг детей боярских, от их государя отвел их и от Бога отлучил — три года не давал им причастия?» Тогда Захар отвечал ему: «А у кого причащаться? Попы по мзде ставлены, митрополит же и владыки тоже по мзде ставлены». «Митрополита ставят не по мзде», — возразил Геннадий, на что Захар ему молвил: «Коли в Царьград ходил митрополит ставитися и он патриарху деньги давал. А ныне он бояром посулы дает тайно, а владыки митрополиту дают деньги — ино у кого причащатися?»