Тогда Геннадий, как сам он выражается, познал, что Захар — стригольник, и вслед за тем сослал его в пустыню, на Горнечно (?).
Через несколько времени получил архиепископ грамоту о чернеце Захарии от самого великого князя.
Грамота повелевала Геннадию наказать духовно Захара и затем отпустить его в свой монастырь, в Немчиново. Архиепископ исполнил повеление, отослал Захара в Немчиново, но с тем вместе взял с него клятвенную запись его руки. Захар обязывался ею — иметь отца духовного и причащаться, ручался также и за чернецов, что они также будут принимать причастие.
Горько было узнать Геннадию, что Захар престулил клятву, в монастырь свой не попал, а отправился в Москву, и там клятвопреступник и еретик нашел себе защиту.
Желая подорвать значение Геннадия, Захар стал рассылать по всем городам грамоты и в них писал, что Геннадий — еретик.
Этот последний поступок Захара задел Геннадия за живое, и он решился действовать как против Захара, так и против еретиков вообще.
На вышеупомянутые требования митрополита Геннадий отвечал Посланием. В нем, между прочим, он говорит митрополиту о еретиках, что некоторые из них, искренно покаявшиеся, подверглись эпитимии, потом же бежали в Москву, где нашли себе опору. Геннадий прямо указывает на Федора Курицына, что он главный заступник еретиков и ходатай за них; жалуется и на чернеца Захара; упрекает великого князя за нежелание призвать его, Геннадия, в Москву. От самого Зосимы Геннадий требует созвания собора на еретиков и смело указывает митрополиту на великие обязанности первосвятителя, и убеждает его быть строгим обличителем ереси жидовствующих.
До Геннадия дошел слух, что в Москве хотят соборовать о вере и в то же время требуют от него согласия на поставление Коломенского владыки. Геннадий воспользовался своим правом, не исполнив требования дать безымянную отпись на поставление Коломенского епископа, и одновременно с ответными грамотами великому князю и митрополиту, написал соборное Послание к архиепископу Ростовскому и Ярославскому Тихону и к епископам: Нифонту Суздальскому и Тарусскому, Вассиану Тверскому, Прохору Сарскому и Подонскому и Филофею Пермскому. Все эти иерархи, со времени поставления митрополита, находились в Москве и их пребыванием хотели воспользоваться для хиротонии Коломенского владыки.
В своем Послании Геннадий объявляет собору, что он не дает согласия на поставление Коломенского владыки и убеждает владык стать на еретиков. Рассказав о нечестии Алексея Костева и о борьбе своей с Захаром чернецом, Геннадий указывает на Курицына как на начальника еретиков. «Пишу за тем, — говорит Геннадий, — чтобы митрополит еретиков с вами моею братьею проклял, и тех, кто их руку держит, кто печальник».