Иосиф Волоцкий с своей стороны помнил обещание, или скорее порыв Ивана Васильевича послать по городам отыскивать еретиков; но прошло более года, и обещание не сбывалось. Еретики были на свободе, ересь все еще распространялась понемногу по городам и селам. Геннадий во время своего долгого пребывания в Москве не воспользовался присутствием там многих епископов и не возбудил вопроса о преследовании еретиков. Он уже не преследовал их и в Новгороде, где все еще находился еретик архимандрит Касьян, присланный из Москвы в Юрьев монастырь по проискам еретиков, или скорее по ходатайству Федора и брата его — Волка Курицыных.
Послание к архимандриту Митрофану
Весною 1504 года Иосиф написал Послание к духовнику великого князя архимандриту Андрониковскому Митрофану. После обычного приветствия, которым обыкновенно начинались Послания (Государя нашего великого князя Ивана Васильевича всее русии духовнику, господину архимандриту Андроникова монастыря Митрофану, грешный чернец Иосиф, нищий твой, господине, челом бью), Иосиф пересказывает свидание свое с Иваном Васильевичем и вслед за тем говорит, что нет пользы в том, что государь на словах испросил прощение за послабление ереси, а на деле не ревнует о вере, тогда как ему, государю, известны скверные дела еретиков. Рассказав вкратце об их кощунстве и иконоборстве, Иосиф обязывает духовника государева заботиться об искоренении ереси: «Ино, господине, тебе о том государю великому князю пригоже, да и должно поминати. Будет государь во многих делех царских позабыл того дела, ино, господине, ты не забуди, и в том деле государя побреги, чтобы на него Божий гнев не пришел за то, да и на всю нашу землю; занеже, господине, за царское согрешение Бог всю землю казнит». Пересказав свое второе свидание с великим князем, когда последний задал ему вопрос о том, следует ли казнить еретиков, Иосиф вновь убеждает духовника напоминать государю о том, как благочестивые цари поступали с еретиками и тут же сам приводит в пример и назидание случаи жестокого преследования еретиков (отсечение головы, двести ран ремнем, урезыванье языков).
За неисполнение своей обязанности Иосиф угрожает Митрофану страшным гневом Божиим. Обязанность же Митрофана, по мнению Иосифа, состоит в том, чтобы докучать государю о еретиках: пусть для Божьего дела он оставит все дела: «занеже Божие дело всех нужнее». В заключение всего Иосиф просит Митрофана написать ему о том, каково будет о том «государское попечение».
В Послании к Митрофану Иосиф открыто высказал свое мнение, что еретиков надо казнить, и подобрал ряд примеров истребления еретиков по распоряжению благочестивых царей восточных.