Мнение о том, что надо казнить еретиков, высказывал и Геннадий в Послании своем к митрополиту Зосиме; причем он приводил в пример «шпанского короля». О введении инквизиции Фердинандом Католиком рассказывал Геннадию посол Цесарский при проезде через Новгород. При первом розыске Геннадий доверял покаянию еретиков и только нераскаянных отдавал на суд гражданской власти. Когда после первого Собора (1490 года) еретики присланы были к Геннадию, он вздумал учредить в Новгороде нечто подобное тому, о чем ему с сочувствием повествовали католики. Он устроил позорный въезд еретиков в Новгород, причем на каждом из них подобно тому, как и на жертвах инквизиции, была надпись: «се есть сатанино воинство»! И хотя еретики не были сожжены, но зато были сожжены венцы на их головах. Иные из них умерли после того в заключении. Поп Денис умер через месяц после пытки в страшных страданиях. Умер также и чернец Захар, главный враг Геннадия. Истребив таким образом главных врагов своих, Геннадий более не преследовал ереси. Деятельность его с самого 1492 года имеет уже новый характер: он хочет мериться с еретиками, иметь в борьбе с ними равное оружие. Еретики новогородские имели хотя отрицательное, но тем не менее несомненное влияние на архиепископа. У них была в руках Библия. Он заботится о полной Библии и о других книгах, на авторитет которых они ссылались. Захар чернец, как мы видели выше, нападал на обычай ставить священников по мзде. Геннадия мы видим деятелем на Соборе 6 августа 1503 года. Забота об училищах и сознательное недовольство современным состоянием духовенства служат лучшим свидетельством просвещенной деятельности этого иерарха.
Иосиф Волоцкий писал против еретиков с тем, чтобы вконец разбивать их мнения, а не состязаться с ними. Геннадий в нежелании казнить еретиков, в послаблении им видел опасность для православия; он строго обыскивал еретиков и изобрел для них небывалую казнь. Но он не оправдывал себя за такой образ действий, не доказывал от Священного Писания законность казни. Другого ничего с ними нельзя сделать, как казнить самых бесчинных — далее этой практической мысли Геннадий не шел.
Положение Иосифа Волоцкого в этом деле было совсем другое. В то время как ему открылась возможность действовать с успехом в Москве, он столкнулся там же с противоположным воззрением на преследование еретиков. Великий князь остерегался казнить их, несмотря на то что раскаивался в своих грехах. Но не один великий князь Иван Васильевич был противоположного мнения с Иосифом, который в то время уже ознакомился со своими противниками по вопросу о монастырском владении и по вопросу о вдовствующих попах. Противниками его и в том и в другом вопросе были, как уже было сказано, монахи скитского направления.