Сибирским подпольщикам в некотором роде повезло. Назревавшее недовольство Советами в Чехословацком корпусе явно должно было разрешиться вооруженным столкновением. Чехословацкий корпус в количестве около 35 тысяч человек был создан в России из перебежчиков и военнопленных чехов и словаков, желавших воевать с Германией и Австро-Венгрией вместе с Русской армией. До марта 1918 года он дислоцировался в тылу Юго-Западного фронта, а штаб корпуса располагался в Киеве. После Октябрьского переворота и подписания большевиками сепаратного мира с Германией, корпус перешел под покровительство Антанты и считался автономной частью французской армии. Когда немцы вошли на Украину, корпусу с арьегардными боями пришлось отходить на восток. Он в эшелонах покинул Украину и готовился к отправке в Европу по морю, через Владивосток. Союзники предполагали использовать его в дальнейшем на европейском театре военных действий. В свою очередь, Германия давила на большевиков, требуя разоружить чехословацкие части и недопустить отправку корпуса в Европу.
В мае на станциях Сибирской железной дороги появились расклеенные воззвания советских властей с призывом к чехословакам переходить на службу в ряды Красной армии, а затем вышел приказ Троцкого о разоружении всех чехословацких эшелонов. Вслед за этим движение эшелонов по Великому Сибирскому пути сразу остановилось. Большевики попытались кое-где разоружить чехословацкие части.
Чехокорпус к маю 1918 года растянулся в эшелонах по линии железной дороги от станции Ртищево, близ Саратова, до Владивостока, защищая все важные узловые станции. Гришин-Алмазов договаривается о совместном выступлении против большевиков с расположившимися в районе Новониколаевска командирами чешских частей — капитанами Гайдой, Кадлецом и Клецандой. В ночь с 25 на 26 мая[4] 1918 года, в Новониколаевске и Мариинске начинается мятеж белочехов, поддержанный подпольными офицерскими дружинами Гришина-Алмазова. Уже к 12 часам дня 26 мая коммунистическая власть в Новониколаевске была свергнута, был захвачен Совет, арестованы и расстреляны наиболее активные большевики.
На следующий день, 27 мая, была объявлена мобилизация офицеров, и в этот же день была сформирована и отправлена на Тайгу и Томск рота из добровольцев и офицеров в двести с лишним человек, в помощь тамошним подпольщикам. 31 мая происходит падение Томска, а затем, как по команде, из-под власти большевиков освобождаются города Мариинск, Омск, Петропавловск, Курган, Челябинск, Тобольск, Ишим, Павлодар, Семипалатинск, Барнаул, Бийск, Красноярск, Ачинск и т.д. Исключение составил только Иркутск, где антибольшевистское восстание оказалось жестоко подавленным, а большинство его участников погибло. Но и это было ненадолго — 11 июля Иркутск был взят белыми. Безусловно, этот неудержимый откат Советской власти из Сибири во многом произошел благодаря недюжинным организаторским и боевым качествам полковника Алмазова и его сподвижников.