В те времена, когда самостоятельной исследовательской работе студентов большинство преподавателей не уделяло никакого внимания, начинание Костычева имело огромный успех среди молодежи. Создалось постепенно странное и даже несколько нелепое положение: в Лесном институте у известных профессоров-лесоводов — А. Ф. Рудзкого, Н. С. Шафранова, П. Н. Верехи — студенты менее охотно брали темы для «рассуждений», чем в лаборатории почвоведения у Костычева, читавшего такой курс, который многими рассматривался как вовсе не обязательный для будущих лесничих.
Но большой работы со студентами Лесного института Костычев все же не мог организовать. Этому мешали и теснота в лаборатории, и недостаток средств, и малое число часов, выделяемых на практические занятия по почвоведению.
С осени 1882 года Костычев начал читать приват-доцентский курс почвоведения в университете. Здесь он надеялся найти дополнительных помощников из студентов для развертывания интересовавших его научных исследований. Курс почвоведения был достаточно обширным и охватывал:
«а) общую часть почвоведения (учение о химических и физических свойствах почв, о способах исследования их и принципах их классификации);
б) учение об обработке и удобрении почв;
в) общую часть учения о культуре растений». (Из докладной записки Костычева на имя декана физико-математического факультета Петербургского университета от 24 марта 1889 года.){ГИАЛО, фонд 14, дело 8350, связка 250, лист 8.} Из этого документа видно, что содержание университетского курса было близким к тому, что Костычев читал и в Лесном институте.
В своих курсах ученый уделил большое внимание состоянию земледелия в северной, нечерноземной полосе страны. Здешние подзолистые почвы являлись малоплодородными, и Костычев считал, что «посевы на них невозможны без удобрения». Главным и почти единственно применявшимся здесь удобрением был в то время навоз. Длительное унавоживание подзолистых почв и хорошая обработка делали их более плодородными. Однако скота здесь держали мало, и поэтому всегда не хватало навоза для вывозки на поля. Искусственные удобрения — фосфориты, калийные соли, известь — вот что, по мнению Костычева, могло радикально изменить земледельческую судьбу нечерноземной полосы.
Чтение лекций в университете не дало в первые годы тех результатов, которые ожидал Костычев. По агрономии специализировалось очень мало студентов, и привлечь их к научным исследованиям не удавалось. Но работа в университете принесла новому приват-доценту немалую пользу. Он стал чаще встречаться с крупными учеными. Из университетских преподавателей он особенно близко сошелся