В результате коллективной работы костычевского кружка были разрешены многие интересные вопросы. Выяснилось, что с возрастанием температуры разложение быстро усиливается, но только в том случае, если разлагающееся вещество содержит достаточно влаги Сухие растительные остатки тоже разлагались, но очень медленно. При достаточной влажности разложение сильнее всего идет при температуре около 35–37 градусов. Более высокие температуры замедляют процесс разложения. Отсюда Костычев сделал предположение, что в разложении органического вещества главная роль принадлежит необычным химическим процессам, а микроорганизмам. Их значение в процессах «брожения», напоминающих разложение органических веществ в почве, незадолго до работ Костычева было установлено выдающимся французским ученым, одним из создателей научной микробиологии, Луи Пастером (1822–1895). Костычев, однако, не владел микробиологическими методами; впрочем, по отношению к почве таких методов тогда вообще не существовало.
В начале 1882 года Костычев был отвлечен от интересовавших его научных проблем совершенно новым делом, которое, на первый взгляд, могло только помешать его работам по почвоведению. Он занялся изучением… предохранительных прививок сибирской язвы и некоторых других болезней лошадям и овцам.
В России, как и в других странах, нередко происходили огромные падежи скота. Причиной их были заразные болезни, мер борьбы с которыми совершенно не существовало. Нередко эти эпидемии поражали одновременно и людей и животных. Еще в Тверской летописи, в записи под 1158 годом говорилось: «Мор бысть мног в Новегороде и в людях и в конех, яко не льзя бяше дойти торгу сквозе город ни на поле выйти, смрада ради мертвых; и скот рогатый помре». Но только в XVIII веке были описаны более точно такие болезни, как страшная сибирская язва, поражавшая особенно сильно лошадей и овец. В конце семидесятых — начале восьмидесятых годов XIX столетия эпидемии сибирской язвы участились и приняли особенно угрожающий размах. В это время только за один год в Барабинской степи Западной Сибири пало от этой болезни около 100 тысяч лошадей. В 1879 году в одном херсонском имении помещика Фальц-Фейна сибирская язва погубила 125 тысяч овец.
Два года спустя во Франции Пастер создал специальные вакцины для предохранительных прививок сибирской язвы домашним животным. Он продал свое открытие специально организованному в Париже Обществу пастеровских вакцин, у которого все страны должны были покупать вакцины за дорогую плату. Это общество предложило русскому посольству в Париже произвести пастеровские прививки и в России. Косные царские чиновники отклонили это предложение.