Ученые настаивали на немедленном проведении решительных государственных мер по борьбе со страшным вредителем, вплоть до выкорчевки отдельных виноградников, кому бы они ни принадлежали. Это было единственно правильное для того времени предложение, и Костычев горячо его поддержал, но «сиятельные князья», которые могли потерпеть от этого убыток, голосовали против предложения ученых. Так и получилось на совещании два лагеря — ученый и княжеский.
Царское правительство в начале девяностых годов прошлого века решило ликвидировать высшее агрономическое образование в стране. Правительство боялось, что передовые агрономы, попадая в деревню, будут революционизировать крестьянские массы. Петровская академия в Москве была по «высочайшему повелению» закрыта, та же участь ожидала и Ново-Александрийский институт сельского хозяйства и лесоводства. Однако прогрессивные русские ученые и прежде всего Костычев и Докучаев не позволили осуществить этот черный замысел. Они сумели привлечь к вопросу об агрономическом образовании внимание самой широкой общественности. Правительство вынуждено было пойти на уступки. Ново-Александрийский институт не только остался, но был преобразован и укреплен. Вместо Петровской академии открыли Московский сельскохозяйственный институт. Во всем этом большую роль сыграл Костычев, он же сумел подобрать для Московского института таких замечательных профессоров, как В. Р. Вильямс, Д. Н. Прянишников, Н. Я. Демьянов.
В 1895 году В. В. Докучаев выдвинул проект организации в университетах новых кафедр — почвоведения и бактериологии. Это предложение обсуждалось на заседании сельскохозяйственного совета под председательством Костычева. Оно было поддержано профессором агрономии А. Е. Зайкевичем (1842–1931); против выступил полтавский помещик Квитка; как обычно, после доклада Докучаева разыгрались страсти. Многие говорили, что кафедры почвоведения — это роскошь и без них можно обойтись. Костычев поставил выдвинутый Докучаевым вопрос еще шире. Искусно направляя развернувшиеся прения, он добился принятия такой резолюции: «Единогласно высказываясь за необходимость… учреждения самостоятельных высших сельскохозяйственных институтов… в главнейших районах России, совет признает вместе с тем пользу учреждения в университетах новых кафедр по сельскому хозяйству и сопредельным с ним наукам, для распространения сельскохозяйственного знания вообще и, в частности, для приготовления научных деятелей по сельскому хозяйству».
Это была поддержка предложения Докучаева, но одновременно здесь проявилась забота Костычева о коренных нуждах русской агрономии. Он сумел также добиться организации при департаменте земледелия бактериологической лаборатории, метеорологического бюро, а несколько позднее и почвенного бюро.