В конце летней практики каждый ученик должен был написать сочинение на какую-нибудь тему, связанную с летними работами. Большинство учеников, однако, как отмечается в отчетах школы, ничего не могло написать или представляло сочинения «совершенно неудовлетворительные». Лучшими работами в 1863 году были признаны сочинения Николая Гудкова «Описание растительности в окрестностях Бутырского хутора» и Павла Костычева «О возделывании картофеля и об устройстве дренажа»{Московский областной исторический архив, фонд 419, опись 1, связка 48, № 1646, лист 5.}. Это была первая самостоятельная научная работа Костычева. Она в архивах, к сожалению, не сохранилась, но интересен сам выбор темы. Эта тема «почвенная»; молодого агронома интересует такой прием, как дренаж, приводящий к коренному улучшению бросовых болотных почв.
***
Последний — год пребывания Костычева в школе был омрачен уходом Анненкова. Восприняв «освобождение» крестьян как действительное освобождение, Николай Иванович начал добиваться коренной реформы Земледельческой школы. Анненков считал, что теперь она не должна готовить «ученых управителей» для помещичьих имений. Ее цель, по мнению Анненкова, иная: готовить высокообразованных агрономов из народа для вольной русской деревни, то-есть для помощи в первую очередь крестьянам. В своих докладных записках президенту Московского общества сельского хозяйства Анненков требовал «увеличения курса» школы, «расширения преподавания математики и естественных наук», «увеличения практических занятий воспитанников», организации хорошей химической лаборатории и значительного увеличения ассигнований. Но президент и большинство членов общества смотрели на дело совсем иначе. Им попрежнему нужны были послушные «ученые управители». С директором-«фантазером» поступили так же, как и с Бажановым: начали травить, а потом предложили подать в отставку. Директором школы стал бесхарактерный Николай Иванович Сосфенов, занимавший до этого должность школьного инспектора.
Но все-таки Сосфенов, следуя духу времени, решил сам провести в школе одну своеобразную и довольно радикальную реформу. Разбор проступков учеников и наказание провинившихся он передал в руки самих учеников, которые выбирали для этой цели комиссию «судей». Директор скоро получил нагоняй за свою «реформаторскую» деятельность и вынужден был ликвидировать комиссию, но в одном отчете все же успел написать, что ученическая комиссия по разбору проступков в 1862/63 учебном году работала хорошо и выносила очень справедливые решения, «когда старшими членами комиссии были Костычев и Гудков, ныне окончившие уже курс».