В географических опытах Менделеева испытывались не только удобрения, но и способы обработки почвы. Ученый был не в состоянии поступить иначе. «Я восстаю противу тех, — писал он, — кто печатно и устно проповедует, что все дело в удобрении, что, хорошо удабривая, можно и кой-как пахать».
Полевые опыты Менделеева были задуманы очень широко. Испытывалось 20 вариантов удобрений на трех различных «фонах» обработки почвы. Изучались как органические удобрения: навоз, фекалии и другие, так и минеральные: известь, гипс, поташ, селитра, костяная мука, поваренная соль. Хотя эти очень сложные опыты проводились всего три года и потом были прекращены из-за отсутствия средств, результаты их имели немаловажное научное и практическое значение. Менделеев доказал исключительно благотворное действие извести на подзолистых почвах: после ее внесения урожаи ржи и овса на этих почвах сильно возрастали. Было также показано положительное влияние азотистых удобрений. Испытание фосфорных удобрений в опытах Менделеева не дало определенных результатов, хотя в ряде случаев фосфаты способствовали повышению урожаев.
Уже первый отчет Менделеева за 1867 год, носивший предварительный характер, был встречен с большим интересом и довольно оживленно обсуждался на страницах сельскохозяйственных журналов. Ожидалось, что отчеты за 1868 и 1869 годы будут значительно полнее, что здесь Менделеев приведет полученные им цифры и сообщит свои выводы. Менделеев так и собирался поступить: он всегда торопился печатать результаты своих исследований и делать их всеобщим достоянием.
Но в этот раз все получилось по-другому. Руководители Вольного экономического общества создали специальную комиссию по рассмотрению результатов опытов с удобрениями и запретили Менделееву печатать сколько-нибудь подробные данные об его исследованиях, пока комиссия не признает их полными. Ученый напечатал несколько статей о своих опытах; здесь он не сообщал почти никаких цифр, приводил лишь отдельные выводы. По этому поводу Костычев выступил в «Земледельческой газете» со специальной критической статьей «Выводы г. Менделеева «О значении находящихся в почве питательных веществ». Лишь внешне это была критика в адрес Менделеева. Фактически рецензия Костычева преследовала цель защиты прав ученого от неправильных распоряжений руководителей Вольного экономического общества.
Говоря о запрете Менделееву печатать полученные им и его сотрудниками цифровые данные, Костычев писал: «Распоряжение это, по вашему мнению, не может быть приятно г. Менделееву (да и вообще всякому читающему и интересующемуся делом…). Неужели результаты вовсе не будут печататься в течение 10 лет, если раньше этого срока полных результатов не получится? Да и отчего это нельзя печатать неполные результаты? Общество может привести только одну, повидимому уважительную, причину этого: из неполных результатов нельзя сделать полных выводов; но ведь это не беда — покамест пусть будут неполные выводы, а что выводы могут быть, это доказывают два сообщения г. Менделеева, который представил несколько своих выводов и который находится, по нашему мнению, в очень неловком положении: под его наблюдением производятся исследования, и он, само собою разумеется, желает скорее сообщить результаты этих исследований, а между тем распоряжение общества связывает его.