В штабе наместника быстро поняли ошибочность столичного кадрового решения, по своим каналам вышли на государя, и в результате 10 марта 1904 года последовал Высочайший приказ о назначении генерал-лейтенанта Стесселя командующим Квантунским укрепленным районом, с подчинением ему всех войск, находящихся на территории Квантуна и крепости Порт-Артур. Таким образом, Смирнов был с самого начала поставлен в подчинение к Стесселю.
Если бы эти два генерала сумели сработаться, то они бы прекрасно дополнили друг друга — методичный, образованный, с опытом штабной работы Смирнов и горячий, харизматичный, имеющий боевой опыт строевик Стессель. Если бы Смирнов был бы назначен начальником штаба Стесселя... Но история не знает сослагательного наклонения. Новичок на Дальнем Востоке, Смирнов не смог завоевать авторитет у квантунских генералов, а неясность его полномочий позволяла Стесселю действовать через его голову, В результате новоназначенный комендант оказался «пятым колесом» в порт-артурской телеге. Усугубила же ситуацию взаимная личная неприязнь двух генерал-лейтенантов, Неизвестно, почему их личные отношения не сложились, но итогам стала взаимная вражда, которая доставила некоторое количество проблем во время войны и крайне негативно сказалась в послевоенное время.
К апрелю 1904 года в целом закончились мероприятия по пополнению войск Квантунского укрепрайона и доведения уже имеющихся частей до штатов военного времени. Значительную часть мобилизованных составляли сибиряки, некоторые из которых уже служили на Дальнем Востоке. В конце апреля 1904 года командующему укрепрайоном подчинялись следующие силы:
5-й Восточно-Сибирский стрелковый полк из состава 2-й Восточно-Сибирской стрелковой дивизии. Командир — полковник Третьяков;
4-я Восточно-Сибирская стрелковая дивизия, в составе 13, 14, 15, 16-го Восточно-Сибирских стрелковых полков трехбатальонного состава и 4-й Восточно-Сибирской стрелковая артиллерийской бригады. Всего — 12 батальонов, 32 орудия. Начальник дивизии — генерал-майор A.B. Фок;
7-я Восточно-Сибирская стрелковая дивизия в составе 25, 26, 27, 28-го Восточно-Сибирских стрелковых полков и 7-го Восточно-Сибирского стрелкового артиллерийского дивизиона. Всего 12 батальонов и 24 орудия;
Тыловые команды 3-й Восточно-Сибирской стрелковой дивизии численностью около полубатальона;
21-я и 36-я роты пограничной стражи;
три батальона Квантунской крепостной артиллерии (их артиллеристы обслуживают крепостные орудия морского и сухопутного фронтов крепости);
сотня 1-го Верхнеудинского казачьего полка Забайкальского казачьего войска;