Таким образом, русские зодчие довели до совершенства доставшийся им в наследство итальянский образец, но новейшие тенденции в развитии европейской фортификации не были ими востребованы.
Сосредоточение управления крепостного строительства в руках централизованной власти позволило создавать не просто отдельные крепости, но целые системы из укреплений разного уровня, способные обеспечить эффективную защиту границ государства. Первой такой системой стали засечные линии на границе с Диким полем, защищавшие центральную территорию страны от набегов крымских кочевников. Они включали в себя полосу застав, собственно засечную черту, усиленную дерево-земляными крепостями, и мощные каменные крепости (Тула, Коломна и т. д.), служившие опорными пунктами для войск, развернутых на рубежах.
Русские фортификаторы пытались также усилить оборону городов за счет создания вокруг них системы вспомогательных крепостей. Так, столица Русского государства, помимо четырех поясов собственно городских укреплений (Кремль, Китай-город, Белый город, Скородом), была прикрыта с наиболее опасного, южного направления полукольцом сторожевых монастырей. Каждая из обителей была превращена в мощную крепость, а расстояние между ними позволяло обеспечить оборону промежутков за счет артиллерийского огня. Таким образом, была во многом предвосхищена идея фортовой крепости, ставшая общепринятой в Европе во второй половине XIX столетия.
Русские крепости XVI века оказались достаточно устойчивыми и с успехом отражали атаки не только кочевников, но и европейских армий. В качестве примеров можно привести успешную оборону Пскова в 1581—1582 годах от войск польского короля Стефана Батория или почти годичную оборону Смоленска от войска польского короля Сигизмунда (1609-1611).
Главной проблемой русской фортификации в это время и на протяжении следующего XVII столетия стало то, что крепостное дело в России (так же как и архитектура в целом) не вышло за рамки ремесла. Не возникали школы, не накапливались знания, не велось систематической работы по анализу и развитию фортификационной мысли. Да и сами зодчие, включая наиболее выдающихся из них, таких как Федор Конь, были самоучками, не получившими систематического образования.
Это привело к тому, что XVIII век стал для отечественного крепостного дела, по сути, тупиковым. После окончания Смутного времени были приведены в порядок и модернизированы многие из старых каменных крепостей. Однако становилось все нагляднее преимущество бастионной фортификации европейского типа. Она была дешевле, быстрее в постройке и эффективнее. Отсутствие собственной инженерной школы вынуждало к постоянно приглашать иностранных специалистов. Начиная с 50-х годов XVII века в русских документах появилось неизвестное доселе слово «инженер».