Но на этом бедствия города не закончились. После вступления в войну России в начале 1655 года Хмельницкий послал в Белоруссию войско наказного гетмана Ивана Николаевича Золотаренко. Перед его двадцатитысячным войском город не устоял и был сожжен дотла, а гарнизон — полностью истреблен. Атаман доносил царю Алексею Михайловичу — «Бобруйск и Королевскую слободу войска спалили, чтоб впредь нe было при чом держатися врагам и недругам вашего царского величества».
От этого разорения город долго не мог оправиться. Восстановленные сразу после окончания войны, городские укрепления быстро пришли в упадок и в конце XVII века постепенно пришли в запустении. В краеведческой литературе приводится описание состояния замка в 1692 году: «У въездной брамы уже не было “фортки”, а вороты великие, двоистые, старые опали. В башне“ от костела” отсутствовала дверь, а глиняная обмазка “з исподу выбита”. Башни к тому времени “опали” и требовали ремонта, совершенно не упоминаются редуты».
В XVIII веке остатки замка и вовсе обратились в руины, а сам Бобруйск числился уже не городом, а местечком[1], в котором жило чуть более 2000 жителей.
Новую жизнь в него вдохнуло вхождение в 1792 году в состав Российской империи. Во-первых, Бобруйск перестал быть собственностью княжеского семейства Радзивиллов, а во-вторых, получил городской статус и собственный герб. С 1795 года Бобруйск — уездный город Минской губернии.
Герб Бобруйску был дарован Высочайшим указом государыни императрицы Екатерины II от 22 января 1796 года. Описание герба, сохранившегося в городе и по сию пору, гласит: «В серебряном поле французского щита вертикальная корабельная мачта с двумя положенными крестом деревьями натурального цвета».
Герольдмейстерская контора так пояснила выбор рисунка герба для возрожденного города:
«В сем округе находится довольно мачт годных деревьев, и промысел оными составляет не малую часть пользы тамошних жителей, которые сплавливают их по реке Березиной, для отправления к Рижскому порту, куда такия же деревья провождаются из Брянска и других мест; в сходство сему изображается изображается па средине серебрянаго поля, мачта и к ней приставленныя два для мачт изготовленный дерева крестообразно».
По свидетельству местных историков, новый герб очень понравился жителям города. Во-первых, он подчеркивал их новый, городской статус, а во-вторых, рисунок герба был прост и понятен новоявленным горожанам.
Помимо получения новой символики Бобруйску предстояло обрести новый облик, достойный уездного города Российской империи. Комиссия по строительству городов в Санкт-Петербурге в 1800 году разработала новый план города, и началась подготовка к работам. Однако этот план никогда не был реализован, потому что летом 1810 года государь император Александр I утвердил решение о строительстве в городе мощной крепости.