В первой половине XIX века значение Бобруйска как крепости сомнению не подвергалось. Во-первых, другие крепости на западе России только строились (о чем пойдет речь ниже), во-вторых, неспокойная обстановка в русской Польше и на территории бывшего княжества Литовского требовала ощутимого военного присутствия, и, наконец, в-третьих, через крепость прошло Варшавское шоссе — важная магистраль, связывавшая центр России с западными владениями империи.
Однако быстрое развитие во второй половине XIX столетия нарезной артиллерии значительно снизило военные возможности Бобруйской крепости. Для того чтобы она могла эффективно выполнять свои функции, требовалась перестройка центральных укреплений и строительство вокруг крепости пояса фортов. Дело весьма затратное и не простое. К тому же в это время политическая лояльность бывших земель Великого княжества Литовского уже не вызывала сомнений, а западную границу империи прикрыли новые мощные крепости — Новогеоргиевская, Брестская, Иван город, Осовец, Двинск, Ковно.
Значение Бобруйска резко упало, поэтому модернизировать крепость не стали, в 1868 году перевели во второй класс, а в 1886-м и вовсе обратили в крепость-склад. На территории построили множество пакгаузов, складских помещений и т.д. В качестве базы снабжения Бобруйск был очень удобен, так как превратился в транспортный узел — шоссейные дороги связывали его с Могилевом и Брестом, судоходство по Березине — с украинскими губерниями, в 1873 году через город прошла Либаво-Роменская железная дорога, связавшая его с балтийскими портами.
В 1897 году в рамках экономии военного бюджета Бобруйская крепость была упразднена. Это означало, что она более не будет иметь гарнизона и вооружения, а ее сооружения — поддерживаться в оборонительном состоянии. Крепостной флаг, поднятый в 1811 году генералом Игнатьевым, был торжественно спущен.
На территории бывшей крепости по-прежнему располагались военные склады, а в ее казармах разместились два полка (Имеретинский и Кутаисский) и штаб 40-й пехотной дивизии. Для этих войск был построен по типовому проекту военного ведомства величественный храм, освященный в честь святого Георгия Победоносца. В городе он получил имя Белая церковь и по сю пору является одним из украшений Бобруйска. В 1915 году в церкви присутствовал на службе государь император Николай II.
В годы Первой мировой войны вопрос о приведении крепости в оборонительное состояние даже не ставился. Но ее склады активно использовались, в частности, в них располагался передовой артиллерийский запас Западного фронта.