Строительство незамерзающего торгового флота Министерство финансов вело самостоятельно, но для укрепления Порт-Артура ему пришлось вступить во взаимодействие с Военным ведомством, и тут прозвучал первый звоночек будущей тревоги. Первоначально планировалось построить сухопутные укрепления крепости на рубеже Волчьих гор, т. е. на расстоянии 8 верст от окраин города и 10—12 верст от гавани, что надежно защищало последнюю от обстрела осадными орудиями. Однако этот проект показался слишком дорогим даже Минфину. В итоге был составлен другой, компромиссный. Его линия фортов не доходила до Волчьих гор, а шла примерно в 4 1/2 версты от окраин города, но линии Дагушань — Драконов хребет — Пан-луншан — Угловые горы — Высокая гора и высота Белый волк. Эта линия сухопутной обороны соответствовала требованиям прикрытия ядра крепости от бомбардирования, но имела протяжение около 70 километров и требовала 70-тысячного гарнизона и 528 орудий сухопутного вооружения, не считая вооружения берегового и резервного.
Межведомственное совещание, на рассмотрение которого попал этот проект, стремясь к возможной экономии расходов на Квантун как людьми, так и деньгами, высказалось против проекта, и последний одобрен не был. При этом высказано было пожелание, чтобы вообще гарнизон Квантуна не превышал наличного тогда там числа штыков и сабель, а именно 11300 человек, дабы «организация охраны полуострова не являлась чрезмерно дорогой и опасной в политическом отношении». Иными словами, генералы категорически отказались перебрасывать на Дальний Восток значительные военные силы, а также выделять вооружение для строительства полноценной крепости.
В итоге выдающийся русский фортификатор профессор Величко составил окончательный проект крепости. Согласно которому протяжение сухопутной линии обороны, прошедшей по высотам Драконова хребта, на возвышенность впереди Кладбищенской горы, на Зубчатую гору, на возвышенность у д. Саншугоу, на Вальдшнепиный холм, на высоты у южного угла Западного бассейна и на гору Белый волк, вышло около 19 километров, и проект этот был в 1900 году утвержден. В результате укрепления уже не могли защитить ни город, ни порт от вражеской бомбардировки.
Кроме того, сами укрепления в Порт-Артура строились но облегченным проектам, так как Генштаб представил компетентные данные, что у японцев (рассматривавшихся в качестве наиболее вероятного противника) нет и не появится в будущем орудий калибром больше 15 сантиметров, Таких пушек у армии Микадо действительно не было, но кто мог дать гарантию от возможного появления их в будущем?