В мае 2000 г. вновь возобновились бои между войсками Уганды и Руанды в Кисангани. Столкновения начались после того как армейская разведка Руанды выяснила, что угандийская сторона формирует из местных повстанцев дивизию трехбригадного состава для изгнания руандийцев из этого района. Угандийцы, атакованные неожиданно, отступили, потеряв около сотни солдат убитыми. Город остался под контролем армии Руанды. Только прибытие наблюдателей ООН в зону конфликта остановило боевые действия. Окончательное разрушение угандийско-руандийского военного союза привело к новому дроблению в лагере повстанцев.
В октябре на саммите в Мозамбике президенты стран — участниц конфликта договорились о выводе своих войск из ДРК. Тем временем войска Л. Кабилы при поддержке войск Зимбабве начали операцию по освобождению провинции Шаба и в течение двух недель отвоевали там значительное число городов. Однако в целом ситуация сложилась патовая. Раздраженное несостоятельностью Л. Кабилы ангольское руководство начало переговоры с Угандой и Руандой о восстановлении дружественных связей.
В декабре в столице Зимбабве Хараре было подписано соглашение о создании 10-мильной зоны безопасности вдоль линии фронта и размещении в ней наблюдателей ООН. Незадолго до этого армия Руанды и повстанцы захватили город Пвето в провинции Шаба. Это была их последняя победа в этой войне.
Четвертый этап
16 января 2001 г. президент Л. Кабила был убит в своей резиденции. Ответственность за убийство взяла на себя группа военных, называющих себя «молодые сопротивленцы». Президентом стал сын Л. Кабилы — начальник штаба вооруженных сил ДРК генерал-майор Жозеф Кабила. Весь его военный опыт состоял из двух месяцев стажировки в Китае.
В течение 2001—2002 гг. расстановка сил в целом не менялась. Уставшие от войны противники обменивались вялыми ударами. 30 июля 2002 г. ДРК подписала два отдельных мирных соглашения с Руандой и Угандой. 27 сентября 2002 г. Руанда в результате прямого давления президента США Джорджа Буша начала вывод первых подразделений с территории ДРК. За ней последовали и остальные участники конфликта. Немедленно начались столкновения между маи-маи и отрядами КОД/ Гома.
Вывод угандийских войск из провинции Итури привел в мае 2003 г. к эскалации давнего конфликта между племенами хема и ленду, которые начали сражение за Бунию. В эпицентре боев оказались 700 военнослужащих ООН. После 10 дней боев лишь при посредничестве Ж. Кабилы удалось добиться прекращения огня. Франция, получив мандат ООН, начала военную операцию Artemis, перебросив в Итури 1,5 тыс. своих солдат и разместив в соседней Уганде ударную авиагруппу — пять самолетов Mirage 2000D и пять Mirage F.1