18 июня 2000 г. Асмэра и Аддис Абеба подписали соглашение о прекращении огня. Боевые действия прекратились. Мелес Зенауи подвергся критике в Эфиопии за то, что приказал войскам остановиться. Однако его решение было вполне оправданным. Снова надвигался сезон дождей, коммуникации эфиопских войск были растянуты и подвергались ударам эритрейских рейдовых отрядов, для дальнейшего наступления на Асмэру требовались подготовленные резервы, которых не было, при этом было необходимо удержать и очистить от вражеских подразделений уже занятые территории в тяжелейших условиях горного рельефа местности. К тому же моральный дух эритрейцев не был сломлен, для них началась отечественная война.
По данным International Crisis Group, в этой войне погибли с обеих сторон 70 тыс. человек. Эритрейская сторона утверждает, что Эфиопия потеряла убитыми 123 тыс. бойцов, а Эритрея 19 тыс.[180] Точные данные о потерях боевой техники ни одна из сторон так и не обнародовала.
В июне 2001 г. Эритрея и Эфиопия подписали соглашение о создании Временной демилитаризованной зоны шириной 25 км под контролем миротворцев ООН. Обстановка в зоне эфиопо-эритрейского конфликта все последующие годы оставалась напряженной. Демаркация границы так и не была проведена, так как все попытки сделать это натыкались на сопротивление либо Эфиопии, либо Эритреи.
В 2007 г. ситуация достигла критической точки. Эритрея ввела в демилитаризованную зону свои войска. По американским данным, в ноябре 2007 г. там находилось до четырех тысяч эритрейских военнослужащих при поддержке тяжелой бронетехники и артиллерии. Вдоль зоны размещено около 120 тыс. человек. С противоположной стороны демилитаризованной зоны Эфиопия сосредоточила 100-тысячный контингент[181]. В некоторых местах противники находятся в 70—80 м друг от друга[182]. Были случаи захвата машин ООН эритрейцами, работа военных наблюдателей ограничивалась. 31 июля 2008 г. деятельность миссии в зоне конфликта была прекращена резолюцией Совета Безопасности ООН. Опасность новой полномасштабной войны между двумя государствами сохраняется.