Ввод индийских войск привел к плачевным результатам. Гражданская война вспыхнула с новой силой — теперь уже в южных провинциях Шри-Ланки: сингальские националисты, посчитав договоренности с Дели «предательством национальных интересов», развернули кампанию террора. В свою очередь, на севере индийцы быстро увязли в хитросплетениях местной политики, а попытки индийского контингента разоружить ТОТИ привели к началу вооруженной конфронтации с «тиграми». Вход миротворческих подразделений в город Джафна, главную базу «тигров», обернулся кровавым штурмом, потери Индии составили около 500 убитых. В последовавшей за этим партизанской войне погибли еще около 650 индийцев. Наращивание индийских сил (доведенных по численности до пяти дивизий) не имело особого результата. В конце 1989 г. Индия была вынуждена объявить о выводе войск, завершившемся в 1990 г. Операция на Шри-Ланке стоила жизни и премьеру Индии Радживу Ганди, погибшему от взрыва бомбы тамильской террористки-камикадзе 21 мая 1991 г. (в 2006 г. один из лидеров ТОТИ признал его убийство ошибкой).
Вторая война 1990-1994 годов
Первая война унесла жизни более 40 тыс. человек на острове. После вывода индийских войск в 1989—1990 гг. ланкийское правительство подписало с тамилами целый ряд соглашений о перемирии и расширении их прав, включая признание тамильского языка официальным. Однако основным мотивом этих соглашений было стремление властей на время сосредоточить все ресурсы для борьбы с собственной сингальской оппозицией. На севере же фактическим результатом перемирия стало установление полного контроля ТОТИ над рядом областей. На контролируемых территориях ТОТИ проводили политику этнических чисток, направленных не только против сингалов, но и против проживающего на севере мусульманского меньшинства (так, в конце 1990 г. с полуострова Джафна было разом изгнано все мусульманское население — 28 тыс. человек).
Коломбо не собирался со всем этим мириться, и 10 июля 1990 г. боевые действия возобновились, сопровождаясь актами двусторонней резни. Правительственным силам противостояли уже полностью сформировавшиеся в войне против индийского контингента и укрепившиеся за счет мирной передышки и «освоения» контролируемых территорий формирования ТОТИ, численность которых достигла 10 тыс. человек.
Используя слабость и политическую нестабильность центральной власти, «тигры» не только быстро усилили позиции на севере, но и перешли к активным действиям в центре страны, ведя беспощадную террористическую кампанию, в том числе против ланкийского руководства. Впрочем, в крупных терактах 1992—1994 гг., обычно приписываемых «тиграм», до сих пор много неясного. Громкие убийства командующего ланкийских ВМС Кланси Фернандо, генерала Дензила Коббакадува, лидера оппозиции экс-министра внутренних дел Лалитха Атхулатхмудали, президента Шри-Ланки Ранасингхе Премадасы, а затем и главного кандидата в президенты от оппозиции Гамини Диссанаяки в равной степени могли быть и делом рук боевиков ТОТИ, и следствием внутренних конфликтов в самой сингальской общине.