Базовый вариант Ту-16 за время многолетней эксплуатации постоянно дорабатывался и модернизировался. Его взлетная масса достигла 77150 кг (при массе пустого 37200 кг). Двигатели АМ-3 были заменены РД-ЗМ с тягой 9520 кг и другие из этого семейства. Самолет Ту-16 имел один бомбовый отсек, оборудованный типовой системой бомбардировочного вооружения. Нормальная бомбовая нагрузка составляла 3000 кг, максимальная бомбовая нагрузка – 9000 кг. Была возможна подвески бомб весом от 100 кг до 9000 кг. Бомбы калибров 5000, 6000 и 9000 кг подвешиваются на мосту балочного держателя, бомбы меньших калибров – на бортовых кассетных держателях.
Прицеливание при бомбометании производилось с помощью векторно-синхронного оптического прицела ОПБ-11Р с автоматом боковой наводки, связанным с автопилотом, благодаря чему доводку самолета по курсу мог производить штурман автоматически при прицеливании. При плохой видимости земли, прицеливание велось с помощью РПБ-4, в этом случае точность бомбосбрасывания повышалась, так как ОПБ-11Р был связан с прицелом РБП-4 и отрабатывал для него необходимые параметры. Сброс бомб осуществлял штурман, эту же операцию мог производить и штурман-оператор.
Badger С с бомбовыми замками установленными на ракетных пилонах и с дополнительными мачтами радиосвязных антенн.
Badger С сбрасывает бомбы с замков, установленных на подкрыльевых ракетных пилонах. На эти замки могло подвешиваться четыре бомбы или и мины, таким образом, общая боевая дополнительная нагрузка состояла из восьми свободнопадающих боеприпасов.
Два снимка Ту-16КСР-2 Badger G с двумя ракетами КСР-2 на подкрыльевых пилонах. В дополнении к своему ракетному вооружению Badger G мог нести и свободнопадающие бомбы.
Вслед за бомбардировочным вариантом в серийное производство был запущен носитель ядерного оружия Ту-16А. Самолет-носитель свободнопадающих атомных бомб Ту-16А («самолет 88А» или «изделие НА») стал первым советским массовым авиационным средством доставки атомного оружия. В отличие от Ту-16, он имел электрическую систему обогрева и термостабилизации бомбоотсека с целью создания необходимых условий для атомного боеприпаса и систему подготовки его к сбросу. На самолете был реализован ряд мер по защите от воздействия ударной волны и светового излучения атомного взрыва. Прицеливание производилось с помощью прицела ОПБ-11Р (или ОПБ-11РМ), связанного с радиолокационным бомбовым прицелом РБП-4 и автопилотом АП-5-2М (или АП-6Е). В остальном, бомбардировочное и минно-торпедное вооружение Ту-16А соответствовало аналогичному вооружению Ту-16.