Успешные испытания Ту-16 побудили использовать его в качестве носителя этого уже отработанного ракетного комплекса, что должно было значительно повысить боевые возможности системы «Комета». Модернизированная противокорабельная авиационно-ракетная система дальнего действия получила обозначение Ту-16КС, экипаж носителя возрос до семи человек. Весь комплекс управления вместе со станцией «Кобальт-М» был полностью взят с самолета Ту-4К и размещался вместе с оператором в грузоотсеке. Две управляемые крылатые ракеты КС-1 подвешивались под крыльями. Радиус действия Ту-16КС составлял 1800 км, дальность пуска КС-1 – 90 км.
Заводские испытания, Ту-15КС проведенные экипажем во главе с летчиком-испытателем Ю.Т.Алашеевым успешно завершились в ноябре 1954 г. Всего было выполнено 18 полетов. В начале следующего года опытный Ту-16КС успешно прошел испытания на полигоне Багерово, после чего был рекомендован для принятия на вооружение. С 1954 по 1958 гг. завод №22 в Казани выпустил 107 Ту-16КС, из них в 1958 г. 59 машин с системой дозаправки Ту-16КС (ЗА). Порядка 40 носителей в 1960-х гг. были переданы Индонезии и Египту.
Экипажи Ту-16 полки морской авиации направляются к своим самолетам для выполнения учебного либо разведывательного вылета. Во время таких вылетов на самолеты Badger G обычно не подвешивалось ракетное вооружение. Все самолеты полностью цвета натурального металла.
Антенна в виде перевернутой буквы «Т» на носу этого Badger G является антенной станции «Рица», предназначенной для облегчения пилоту полетов на малой высоте перед пуском ракеты.
Дальнейшим развитием советских авиационных крылатых ракет стала ракета КСР-2, которая в сочетании с носителем Ту-16 и системой наведения «Рубикон» образовала комплекс К-16, предназначенный для поражения радиолокационно-контрастных морских и наземных целей: кораблей, мостов, плотин, электростанций, заводов, железнодорожных узлов, аэродромов и т.п. Его крылатая ракета КСР-2 (К16)с активной головкой самонаведения начала разрабатываться с конца 1957 г. и оснащалась ЖРД типа С5-6 с тягой до 1200 кгс в момент пуска и до 700 кгс на маршевом режиме. На КСР-2 устанавливалась система радиоуправления с бортовым локатором КС-ПМ, связанная с самолетной РЛС «Рубин-1 К». Длина ракеты – 8,62 м, размах крыла - 4,52 м, стартовая масса – 4077-4100 кг, масса боевой части – 840-850 кг, максимальная скорость – 1260 км/ч и дальность полета- 120-150 км.
Благодаря автоматизации процесса прицеливания специальный оператор в составе экипажа уже не требовался, поэтому его гермокабина в бомбоотсек Ту-16К-16 не устанавливалась, а сами ракеты подвешивались на крыльевых балочных держателях. Таким образом, в бомбоотсеке сохранялась возможность подвески бомб. В случае, если ракетоносец переоборудовался из Ту-16А, он мог применяться и как носитель ядерных боеприпасов. В результате система К-16 стала первым смешанным авиационно-ракетным и бомбардировочным комплексом.