Во время заправки стрелок-радист находящийся в задней части кабины вел наблюдение, через блистер помогая пилоту. Этот член экипажа являлся главным стрелком а мог при необходимости управлять всеми стрелковыми установками во время боя.
Наземный персонал подвозит к самолету ракету КС-1 (AS-1 Kennel, по коду НАТО) на ее транспортной тележке. Эти ракеты подвешивались на пилоны под крыльями Ту-16КС-1.
Экипаж размещался в двух герметических кабинах с обеспечением катапультирования всех членов экипажа. В задней (кормовой) герметической кабине, в отличие от всех других самолетов, размещались два стрелка, что обеспечивало их лучшее взаимодействие при обороне. Самолет получил комплекс мощного оборонительного стрелково-пушечного вооружения. Он состоял из трех дистанционно управляемых подвижных установок со спаренными 23-мм пушками, передней установки с одной такой пушкой, а также четырех оптических прицельных постов и автоматического кормового радиоприцела. В качестве последнего предполагалось использовать перспективную РЛС «Топаз» с большой дальностью обнаружения или РЛС «Аргон» с меньшей дальностью, но уже подготовленную к серийному производству. Учитывая дефицит времени, выбор был сделан в пользу станции «Аргон». Этот состав вооружения обеспечивал оборону самолета на уровне, значительно превосходящем самолеты аналогичного назначения. Для самолета создавался новый бомбардировочный радиолокационный прицел РПБ-4, являющийся дальнейшим развитием прицела «Рубидий» и имевший синхронную связь с прицелом ОПБ-11Р.
Оригинальной была и схема шасси с двумя четырехколесными тележками основных опор, поворачивающимися при уборке на 180 гр относительно земли. В передней опоре шасси впервые в СССР в качестве гасящего колебания элемента, уменьшавшего опасность возникновения «шимми», применили спаренные колеса на одной общей оси. В итоге обеспечивалась возможность эксплуатации самолета, как с бетонных, так и с грунтовых и снежных аэродромов. Предусматривалось применение тормозного парашюта в качестве аварийного средства при посадке самолета.
Ту-16 КС-1 (Badger В) с подкрыльевыми пилонами дли подвески КС-I. Самолет полностью цвета натурального металла, тактический помер «62» (красный) нанесен на хвосте и створках ниши переднего шасси.
Ту-16КС-1 выпускает ракету КС-1 со своего правого подкрыльевого пилона. Ту-16КС-1 имел крупный обтекатель прицельного радара, убирающийся в бомбовый отсек.
Ту-16КС-1 индонезийских ВВС, начало 60-х гг. Самолет вооружен ракетами КС-1, хорошо виден выдвинутый обтекатель радара управлении ракетами.