Ту-16КС-1 индонезийских ВВС, стоящий на краю взлетного поля.
Поскольку считалось, что ядерные бомбы станут основным оружием самолета «88», перед его создателями поставили задачу обеспечения безопасности самолетов при взрывах атомных боеприпасов. Это в основном касалось вопросов динамики полета и прочности: не разрушит ли ударная волна бомбардировщик, не раздавит ли его повышенное давление за фронтом ударной волны, не нарушится ли устойчивость машины, необходимо ли экипажу вмешиваться в управление самолетом? Особого внимания потребовало изучение воздействия теплового излучения на дюралевые сплавы. В результате к середине 1950-х гг. удалось разработать и внедрить ряд эффективных мер по защите самолетов-носителей от поражающих факторов ядерного взрыва как в полете, так и на местах базирования.
На случай неудачи с двигателями АМ-03 прорабатывался резервный вариант (проект 90/88) под четыре двигателя ТР-ЗФ с тягой по 5000 кгс ( два двигателя в корне крыла и два – под крылом).
В случае успеха «88-й» должен был заменить уже устаревший к тому времени дальний бомбардировщик Ту-4, став носителем ядерного и обычного оружия. Новая ударная машина имеющая скорость около 1000 км/час должна была поступить на вооружение как советских ВВС, так и ВМФ. В перспективе планировалось оснастить эти самолеты новым типом вооружения – управляемыми снарядами класса «воздух-земля», работы над которыми шли в ОКБ А.И.Микояна, что должно было резко повысить устойчивость самолета-носителя к средствам ПВО вероятного противника.
Работы по проектированию и постройке «88-го» шли в очень быстром темпе, с взаимной корректировкой как «живой» конструкции, так и чертежей. В апреле 1951 года на заводе № 156 началась постройка первого опытного экземпляра машины, одновременно строился и экземпляр для статических испытаний. Обе машины были закончены к концу 1951 года, а 25 января летный экземпляр бомбардировщика «88», получивший название Ту-16 был перевезен в Жуковский для дальнейших доводок и начала испытаний. Начались гонки двигателей, отработка уже установленного и монтаж еще поступавшего оборудования. 27 апреля 1952 г. экипаж летчика-испытателя Н. Рыбко поднял Ту-16 в воздух – первый полет длился всего 12 минут. Полученная при испытаниях максимальная скорость превышала указанную в техническом задании, составляя 1020 км/час, однако машина не показала необходимую дальность, хуже чем требовалось были и взлетно-посадочные характеристики. Причиной этого являлось сильное перетяжеление конструкции. Масса пустого самолета достигала 41050 кг, вместо расчетных 35750 кг. И это притом, что отсутствовала часть вооружения и оборудования.