В целом, роль и судьба Шмидта не укладываются в рамки советского функционера высокого уровня, как его подают некоторые современные издания (Ермолаев, 2001, Ермолаев, Дибнер, 2005). Для историка личность такого масштаба интересна прежде всего как опыт сотрудничества былой российской интеллигенции с советской властью в процессе социалистического строительства 20–30 гг. прошлого века, проходивший под непосредственным воздействием другой масштабной неординарной личности, стоявшей во главе партии и страны, доставившей историкам работы, вероятно, на века. Возможно, один из сотрудников академического Института геофизики, довольно близко подошёл к сути жизненной драмы своего директора: «Наверное, в О.Ю. Шмидте действительно хватало всего понемножечку — и от крупного учёного, и от коньюктурщика, и от хитрого политика, и от донельзя наивного человека. Но это же можно сказать и о слишком многих…» (Подъяпольский, 2003, с. 16). В любом случае, можно только сожалеть об отсутствии в современной Российской академии наук руководителей масштаба и уровня Отто Юльевича Шмидта, с его руководящими способностями, личной харизмой и уменьем видеть перспективные направления с привлечением многих активных и заинтересованных людей.
Уход Шмидта с арктической деятельности трактуется некоторыми историками (Белов, 1969) как перевод на работу в Академию наук в должности вице-президента, которая оказалась непродолжительной — в 1942 г. высочайшим распоряжением он был снят и вплоть до своей смерти в сентябре 1956 г. оставался одним из многих директоров академических институтов, один из которых теперь носит его имя. В течение нескольких предвоенных лет Шмидт перестал упоминаться в официальных изданиях Главсевморпути, а в лексиконе его преемника Ивана Дмитриевича Папанина появился ругательный термин-определение «шмидтовец», которым тот пользовался до конца жизни. Тем не менее М.И. Белов, отражая точку зрения подавляющего большинства полярников, отметил, что в Главсевморпути «…как начальник он удачно выражал собой всё её существо — масштабность, необычайно смелый организаторский замысел и научный подход к решению хозяйственных и транспортных проблем. Крупный учёный и не менее крупный организатор — именно таким видели полярники О.Ю. Шмидта на посту арктического главка. Традиции, заложенные О.Ю. Шмидтом, пережили его» (1969, с. 104–105). Такая оценка близка к реальной, судя по тому, как взлёты и падения Шмидта воспринимались в среде его бывших подчинённых, отметивших отставку «шефа» по-своему примечательной эпиграммой: