Свидетельство об окончании гласило, что командир РККА Котин Жозеф Яковлевич «окончил Военно-техническую академию имени Ф. Э. Дзержинского в полном объеме курса факультета механизации и моторизации, выполнил все требования учебного плана и программы по специальности конструктора боевых машин». На основании постановления Высшей аттестационной комиссии и приказа народного комиссара обороны СССР в июне 1931 г. ему присвоено звание военного инженера-бронетанкиста, как окончившему академию по первому разряду.
В том же году М. Н. Тухачевский был назначен заместителем наркома обороны, начальником вооружений РККА. Созданная по его инициативе широкая сеть военно-учебных заведений, конструкторских бюро, научно-исследовательских институтов и лабораторий дала нашей стране необходимые кадры танкостроителей, моторостроителей, вооруженцев, способных создавать новые конструкции боевых машин, танковых двигателей и мощных артиллерийских систем. Выпускники Военно-технической академии имени Ф. Э. Дзержинского неизменно пользовались вниманием и поддержкой М. Н. Тухачевского. В их числе чаще других называют конструктора артиллерийского вооружения В. Г. Грабина, широко известного в стране руководителя автобронетанкового управления Красной Армии генерала Д. Г. Павлова, будущего конструктора тяжелых танков Ж. Я. Котина.
В 1931 г., после окончания академии, Жозеф Яковлевич Котин по решению командования был зачислен на должность инженера в конструкторское бюро Военно-технической академии имени Ф. Э. Дзержинского в Ленинграде. Вскоре способного выпускника назначили старшим инженером, а затем — начальником проектно-конструкторского сектора академии. В его подчинении было 15 сотрудников — инженеров, конструкторов, лаборантов, которые занимались разработкой стендового и лабораторного оборудования не только для обеспечения учебного процесса, но и для испытаний различных узлов, деталей и агрегатов новой бронетанковой техники.
Вспоминая о первых шагах Ж. Я. Котина на новой работе в академии, генерал-майор В. Н. Кашуба писал: «Помнится, на первых порах его работы в качестве начальника конструкторского отдела академии он задумал организовать экспериментальную макетно-модельную мастерскую. Ему было в этом отказано. Он настаивал и снова получил отказ, и только на десятый раз его просьбу удовлетворили. Нам, его товарищам, казалось даже, что, встречая препятствия, он становится втрое упорнее»[8].
Через год после начала работы Ж. Я. Котина в проектно-конструкторском секторе Военно-техническая академия имени Ф. Э. Дзержинского была реорганизована: на ее базе создавалось несколько академий. Факультет механизации и моторизации войск из Ленинграда переводился в Москву во вновь созданную Военную академию механизации и моторизации РККА, в которой Ж. Я. Котин стал впоследствии руководить конструкторским бюро научно-исследовательского отдела.