Решение кардинальных организационных задач начальник конструкторского бюро не передоверял никому. Конструкторам нужна была своя база. Ж. Я. Котин настойчиво доказывал хозяйственным руководителям, что конструкторское бюро не может и не должно зависеть от цехов, занимающихся серийным производством. Конструкторы вправе иметь свой производственный участок и широко экспериментировать на нем.
— У нас на заводе, — объяснял Ж. Я. Котин, — проектировщик должен давать полный рабочий чертеж на каждую гайку. А будь в его распоряжении опытный цех, он мог бы там изготовить эту гайку, не теряя времени на предварительные чертежи, шире и смелее экспериментировать, что несомненно ускорило бы дело.
Дирекция и партийный комитет завода поддержали молодого руководителя. За счет рациональной планировки внутренних производственных площадей и целесообразного использования заводского оборудования выделили помещения для лабораторий и мастерских, предназначенных для изготовления опытных образцов.
Далее Ж. Я. Котин занялся совершенствованием самих методов проектирования. Он объединил мотористов, ходовиков, трансмиссионщиков, работавших до этого над одним типом машин, в бригады, которые не ограничивали рамки своей деятельности одной машиной, а работали сообща, специализируясь по агрегатам и узлам машин. Такая перестройка методов проектирования дала серьезный толчок дальнейшему подъему творческой мысли конструкторов. Они стали активнее делиться личным опытом, наблюдениями, и ошибок стало меньше. Это ускорило сроки проектирования и улучшило качество новых образцов. Удачная организация совместной работы конструкторов, технологов и мастеров позволила значительно сократить сроки проектировочных работ.
К творческой работе конструкторов Ж. Я. Котин умел привлекать непосредственных создателей машин — рабочих. «Эта часть неудобна для обработки, эта деталь очень сложная в работе…» — часто говорили они проектировщикам. Конструкторы учитывали их замечания, критически пересматривали свою работу и, убедившись, что рабочий прав, вносили соответствующие изменения в проект. Так, по совету одного из стахановцев, вспоминает Ж. Я. Котин, изменили технологию холодной штамповки — она стала гораздо проще и обошлась дешевле.
По опыту, приобретенному во время работы в Военной академии РККА, Котин хорошо понимал, что творческая работа конструкторов и изобретателей в немалой степени зависит от информированности работников на предприятии. «Нужно, чтобы специалисты, работающие в отделе технической информации, быстро вылавливали наиболее интересные отечественные и заграничные технические новинки и оперативным путем информировали инженеров и техников завода о том, над чем работают ученые и конструкторы в области бронетанковой техники. Мы не имеем права пренебрегать капиталистической техникой. Однако на деле мы часто оказываемся просто не в курсе того, что делается в области техники за рубежом»