Затем Арета с отрядом пытался отогнать скифов, которые присоединились к разграблению обоза и лагеря, и даже убил их предводителя. Но на помощь скифам подошли бактрийские всадники и изменили ход боя. Много македонцев было задавлено первым налётом тяжёлой бактрийской конницы, большинство бежало назад, к Александру, который выжидал момента для приведения в жизнь своего плана.
Увидев, что ряды персов на их левом фланге поредели (бактрийские и скифские всадники ускакали оттуда грабить македонский обоз), Александр не стал ждать спланированной атаки фаланги, а решил завершить сражение своим излюбленным приёмом — таранным ударом конницы. Во главе своей лучшей кавалерии «друзей» он ударил встык между левым флангом и центром персидского построения и устроил в левом крыле персидского войска жестокую резню. Затем, психологически верно рассчитав вероятные последствия, Александр стал пробиваться в центр персидского войска, чтобы сразить находившегося там Дария. Временами сам Александр дрался в полном вражеском окружении. Персы пытались стянуть к угрожаемому месту какие-то отряды. Из рейда в тыл македонской армии вернулись бактрийцы, но не нашли своих прежних мест в боевых порядках персидского войска и, ввязавшись в общую свалку, лишь увеличили сумятицу.
Колесничий Дария был сражён копьём. Поскольку он был очень богато одет, все почему-то решили, что убит сам Дарий. Персы пали духом. Сам Дарий обратился в бегство, за ним побежал центр его войска.
Бесс, увидев, что его войска отрезаны от центра, центр бежит, а следующий удар македонская конница может нанести по нему, приказал отступать.
На левом фланге македонской армии Парменион всё ещё отступал под натиском многочисленной конницы Мазея. Армянская и каппадокийская конница уже охватывала фессалийцев и других греческих всадников. Парменион слал гонцов к Александру, но тот уже был далеко и продолжал гнать бегущего неприятеля. Наконец и до Мазея дошло известие, что центр и левый фланг персидского войска бегут, и он ослабил натиск на Пармениона, уже достаточно помятого и потрёпанного. Фессалийские всадники сразу же контратаковали, и противостоявшая им персидская конница стала поспешно отступать.
Парменион не знал о масштабе успеха и сдерживал своих людей.
Многочисленной персидской коннице не стоило труда оторваться от преследования, истреблению подверглась пехота персидской армии.
Источники приводят разные данные о потерях противников. Максимальная цифра, касающаяся потерь македонской армии, — 500 убитых, «раненых же оказалось очень много». Персы, судя по работам Арриана и К.К. Руфа, потеряли 30–40 тыс. человек. Диодор называет 90 тыс. убитых пехотинцев и говорит, что была перебита вся «варварская конница»; это вряд ли соответствует действительности. Однако впечатляет факт: во время преследования от переутомления пало более тысячи македонских лошадей, так что вряд ли кто-то из персидской пехоты смог уйти. Македонская армия захватила слонов и уцелевшие колесницы противника.