В последовавшей войне Македонии с греческими городами армия Филиппа оказалась лучше обученной и вооружённой. Разрозненные греческие города подчинились Филиппу, который создал Коринфский Союз. С приходом на престол Александра система набора, подготовка и вооружение войск остались прежними. Молодой царь, по преданию, лишь заменил фригийские шлемы на беотийские, которые лучше прикрывали лицо и плечи воина, и повелел всем своим солдатам бриться, чтобы в рукопашной враги не могли вцепиться в бороду.
Верховное командование войском осуществлял царь. При нём постоянно находились сто «товарищей», составлявших его ближайшее окружение. Более узкий круг был представлен «друзьями». В бою «товарищи» и «друзья» составляли предводительствуемую лично царём кавалерийскую часть — илу. Из «товарищей» и «друзей» подбирались командиры для воинских формирований. Таким образом, царская ила была своеобразной школой командного состава. Семеро «царских телохранителей» играли роль своеобразного генерального штаба, они по очереди дежурили и осуществляли функции дежурных генералов. Помимо этого во главе войска стояли подбираемые по греческому принципу стратеги и более младшие командиры — гегемоны. В македонских частях, где солдаты набирались по территориальному принципу, и командиры были представлены местной знатью.
Кроме того, для непосредственной охраны царя были учреждены особые телохранители — соматофилакии (200 бойцов). Командовал ими Гефестион.
В армии существовала административная служба во главе с секретарём — громматеусом и инспекторами — епископами.
Пехота армии Александра делилась на тяжёлую и лёгкую. Основная ударная сила войска — фаланга — состояла из пезгетайров, тяжеловооружённых воинов, набранных по территориальному принципу в разных областях Македонии. Низшей тактической единицей в фаланге была «дека» — 10 человек, составлявших один ряд (шеренгу) фаланги. Во время царствования Александра количество воинов в деке было увеличено с 10 до 16. 32 ряда составляли «лох» во главе с лохадосом, 2–3 лоха объединялись в «такс». Всего в фаланге было 9 тыс. пезгетайров, разделённых на 6 таксов по 3 лоха каждый. 4 такса имели до 330 г. постоянных командиров (таксиархов) и назывались по имени этих командиров: Коен, Пердикка, Кратер, Мелеагр. Воины каждого из них различались одеждой и оружием.
При обычном построении фаланга имела 16 человек в глубину. По фронту фаланги на каждого воина приходился 1 ярд (0,9 м) пространства. Более тесным построением было — «сомкнув щиты», при котором последние 8 человек «деки» входили в промежуток между рядами. Глубина строя сокращалась до 8 человек, но по фронту на каждого воина приходилось 0,5 ярда пространства.