В течение марта 1941 года готовились летные испытания планера, для которых в составе XI авиакорпуса было создано специальное подразделение «Мерсебург». Для доставки планера на взлетную полосу пришлось прорубить просеку в лесу длиной 5 километров. В качестве буксировщика был выбран четырехмоторный самолет Ju-90, который, по расчетам, мог поднять планер с грузом в 4 тонны.
Первый прототип Ju-322-Vl был готов к полетам к апрелю 1941 года, Ju-322-V2 был закончен в постройке, кроме того, еще 98 «Мамонтов» находились на разных стадиях сборки.
Первый полет сразу же выявил у планера массу недостатков. Несмотря на предельные усилия буксировщика, монстр смог оторваться от земли только в самом конце взлетной полосы. Сразу после этого «Мамонт» оказался неустойчивым по всем осям и болтался, как маятник. Длительный полет оказался невозможен, Ju-90 постоянно задирал хвост вверх, вследствие чего пилоту планера пришлось отцепиться и вскоре совершить посадку. Было ясно, что конструкция требует многочисленных доработок.
Конструкторы увеличили хвостовое оперение и внесли еще ряд изменений, но после нескольких полетов стало ясно, что для серьезных операций «Мамонт» не годится. В мае Технический департамент приказал прекратить все работы по планеру. А уже через несколько недель все готовые и находящиеся на сборке Ju-322 были распилены на дрова…
Гораздо более удачной оказалась судьба второй части проекта – «Варшау-Зюд». Уже 1 октября 1940 года представители фирмы «Мессершмитт» продемонстрировали Гитлеру предварительный эскиз будущего огромного десантного планера. Фюреру он понравился, и 6 ноября началась постройка первого прототипа. Проектом занимались сразу 20 инженеров под руководством Йозефа Фрёйлиха.
Несмотря на откладывание высадки в Англии, проект не утратил статуса срочного, и 25 февраля 1941 года Me-321V1, получивший название «Гигант», впервые поднялся в воздух. Для буксировки использовался все тот же четырехмоторный Ju-90, а груз имитировал балласт весом 3,6 тонны. В отличие от своего конкурента, планер нормально оторвался от земли и после 22 минут полета без всяких инцидентов приземлился.
Следующие полеты состоялись 5 и 7 марта. В пятом по счету вылете буксировщиком управляла известная летчица-испытательница Ханна Райч. Сама она так описывала свои впечатления: «Юнкерс-90» испытывал страшные перегрузки и взлетал с большим трудом. Было такое ощущение, что мы тянем за собой целый дом».
Результаты испытаний удовлетворили военных, и производству огромного планера был дан зеленый свет. Выпуск стальных конструкций для «Гигантов» был организован на металлургическом заводе компании «Маннесманн» в Дюссельдорфе, деревянных ребер для крыльев – на мебельной фабрике в Штутгарте, а сама сборка осуществлялась на предприятиях в Лайпхайме, Ульме и Регенсбурге.