Тем временем Генрих Гиммлер пребывал в Баварии, которая считалась (не только по территории) второй землей Германии. 9 марта Имперский министр внутренних дел Фрик назначил Имперским комиссаром Баварии (то есть фактически диктатором) генерал-лейтенанта Франца Риттера фон Эппа. Франц фон Эпп в свое время был создателем одного из самых известных добровольческих корпусов, а затем стал одним из самых именитых национал-социалистов. Поскольку НСДАП еще не обладала полным контролем над страной, чтобы осуществить это назначение, надо было найти удобный повод. Им стало заявление Фрика о том, что якобы консервативное баварское правительство Генриха Хельса не было в состоянии контролировать ситуацию в своей земле. В подтверждение этого баварские СА и СС вышли на улицы, что естественно вызвало массовые беспорядки, в том числе еврейские погромы. Тем же самым вечером фон Эпп назначил местного гауляйтера Адольфа Вагнера баварским министром внутренних дел, а Генриха Гиммлера — исполняющим обязанности начальника мюнхенской полиции. Гейдриху было поручено встать во главе 4-го отдела полицай-президиума, то есть во главе политической полиции, которая в свое время должна была противодействовать радикальным организациям, в том числе НСДАП.
12 марта Генрих Гиммлер в качестве исполняющего обязанности начальника полиции Мюнхена дал пресс-конференцию, на которой озвучил комментарии относительно массовых арестов, которые проходили на протяжении трех дней. Он заявил: «Я полагаю, что арест подозреваемого является чрезвычайной мерой, однако нас вынудили применить ее, так как в городе возникали беспорядки. Таким образом мы обеспечиваем безопасность личностей, которые стали поводом для этих беспорядков. Только так мы можем сохранить их жизнь и здоровье. Мне хотелось бы специально отметить, что для нас граждане иудейского вероисповедания являются такими же гражданами, как и все остальные. Мы не делаем никаких различий». Однако «обходительным» Гиммлер был только на словах. Нельзя отрицать, что в те дни среди евреев не проводилось массовых арестов. Однако буквально за несколько дней за решеткой оказались все заметные деятели Коммунистической партии, «Железного фронта» (военизированная организация социал-демократов) и «Рейхсбаннера» («Черно-красно-золотое знамя» — военизированная организация республиканских демократов).
Неделю спустя после своего назначения Генрих Гиммлер получил еще один пост — Адольф Вагнер сделал его «политическим референтом» в министерстве внутренних дел Баварии. Так Гиммлер фактически получил контроль над всей баварской политической полицией. Именно после этого Гиммлер уже в качестве рейхсфюрера СС обрел возможность назначать членов СС вспомогательными сотрудниками баварской политической полиции. Первоначально таковых было 1020 человек. Когда же 1 апреля Гиммлер был назначен на должность политического командира полиции Баварии, то в его распоряжении оказалась политическая полиция, вспомогательная политическая полиция и создаваемые на территории Баварии концентрационные лагеря. Десять дней спустя Гиммлер «уступил» должность начальника полиции Мюнхена обергруппенфюреру СА Августу Шнайдхуберу — теперь именно он должен был взять на себя ответственность за все аресты «подозреваемых».