В феврале 1933 года Эйке на свой страх и риск вернулся в Германию. Принимая во внимание, что у власти находились национал-социалисты, нет ничего удивительного в том, что его задним числом амнистировали.
Однако Эйке не смог насладиться спокойной жизнью. Оказавшись в Людвигсхафене, он оказался втянутым в очередной политический скандал. Гиммлер вызвал Эйке в Мюнхен и строго отчитал его. После этого Эйке обещал, что, как руководитель СС, не будет вмешиваться в политические дискуссии. Однако своего слова не сдержал. 21 марта 1933 года он был вновь арестован. Поводом для ареста стали самовольные акции подчиненных ему эсэсовцев, которые закончились столкновением с полицией. В тюрьме Эйке объявил голодовку, после чего его перевели в психиатрическую клинику Вюрцберга. Поначалу Гиммлер хотел исключить его из СС, но Эйке написал огромнейшую оправдательную записку. Кроме этого психиатр Вернер Хайде заверил рейхсфюрера СС, что его подопечный отнюдь не являлся душевнобольным (через несколько лет они вновь встретятся и Хайде окажется причастным к программе эвтаназии). После этого Гиммлер добился освобождения Эйке, намереваясь использовать его «для каких-нибудь специальных случаев». Таким случаем как раз оказался лагерь Дахау.
Эйке прекрасно понимал, что почти всем был обязан рейхсфюреру СС, а потому старался больше не «разочаровывать» Гиммлера. На этот раз он проявил рвение, создавая лагерь, который принципиально отличался от концентрационных лагерей, возникших в первые месяцы нахождения национал-социалистов у власти. Отличительными чертами новой лагерной модели являлась полная изоляция от внешнего мира, почти полное отсутствие возможности сбежать из него, разделение охранников и комендатуры, специальная одежда для арестантов, система наказаний и т. д. То есть Эйке создал то, что теперь подразумевается под словосочетанием «концентрационный лагерь периода национал-социалистической диктатуры». Кроме этого Эйке решил навести порядок среди лагерной охраны. Никто не имел права убивать заключенных по своему усмотрению, это можно было сделать, если только арестант выбежал за ограду лагеря. Впрочем, заключенного могли казнить на вполне «официальных основаниях», если тот был уличен в подстрекательстве к бунту. Поскольку под «подстрекательством» могли подразумеваться политические разговоры, отказ от работы, нападение на охранника и т. д., то, по сути, казнить можно было любого заключенного, если бы этого захотел комендант.
В отличие от своего предшественника Теодор Эйке не привязывал смерть арестантов к каким-то формальным процессам. Он отнюдь не намеревался прекращать убийства в Дахау. Однако происшествия со смертельным исходом было легче скрыть в силу того, что лагерь был фактически отрезан от внешнего мира. В большинстве случаев убийство заключенных представлялось либо в виде самоубийства, либо гибели при попытке к бегству. В этой ситуации в дело приходилось включаться лично Генриху Гиммлеру, как политическому командиру полиции, — именно он должен был способствовать этим фальсификациям.